WFRF:(Lundstrom A)
Sökning: WFRF:(Lundstrom A) > (2005-2009) > Reverse Engineering...
Reverse Engineering of Gene Networks with LASSO and Nonlinear Basis Functions
-
- Gustafsson, Mika (författare)
- Linköpings universitet,Institutionen för teknik och naturvetenskap,Tekniska högskolan
-
- Hörnquist, Michael (författare)
- Linköpings universitet,Institutionen för teknik och naturvetenskap,Tekniska högskolan
-
- Lundstrom, Jesper (författare)
- Karolinska University Sjukhuset
- visa fler...
- Stolovitzky, G (författare)
- Kahlem, P (författare)
- Califano, A (författare)
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- 2009-03-30
- 2009
- Engelska.
- Ingår i: CHALLENGES OF SYSTEMS BIOLOGY: COMMUNITY EFFORTS TO HARNESS BIOLOGICAL COMPLEXITY. - : Wiley. - 0077-8923 .- 1749-6632. ; 1158, s. 265-275
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The quest to determine cause from effect is often referred to as reverse engineering in the context of cellular networks. Here we propose and evaluate an algorithm for reverse engineering a gene regulatory network from time-series kind steady-state data. Our algorithmic pipeline, which is rather standard in its parts but not in its integrative composition, combines ordinary differential equations, parameter estimations by least angle regression, and cross-validation procedures for determining the in-degrees and selection of nonlinear transfer functions. The result of the algorithm is a complete directed net-work, in which each edge has been assigned a score front it bootstrap procedure. To evaluate the performance, we submitted the outcome of the algorithm to the reverse engineering assessment competition DREAM2, where we used the data corresponding to the InSillico1 and InSilico2 networks as input. Our algorithm outperformed all other algorithms when inferring one of the directed gene-to-gene networks.
Nyckelord
- reverse engineering
- network inference
- nonlinear
- DREAM conference
- LARS
- LASSO
- TECHNOLOGY
- TEKNIKVETENSKAP
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
- CHALLENGES OF SYSTEMS BIOLOGY: COMMUNITY EFFORTS TO HARNESS BIOLOGICAL COMPLEXIT... (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Gustafsson, Mika
- Hörnquist, Micha ...
- Lundstrom, Jespe ...
- Bjorkegren, Joha ...
- Tegnér, Jesper
- Stolovitzky, G
- visa fler...
- Kahlem, P
- Califano, A
- visa färre...
- Artiklar i publikationen
- CHALLENGES OF SY ...
- Av lärosätet
- Linköpings universitet
- Karolinska Institutet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
