Image-Based Detection of Patient-Specific Drug-Induced Cell-Cycle Effects in Glioblastoma

Matuszewski, Damian J.Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Science for Life Laboratory, SciLifeLab (författare)

Image-based analysis is an increasingly important tool to characterize the effect of drugs in large-scale chemical screens. Herein, we present image and data analysis methods to investigate population cell-cycle dynamics in patient-derived brain tumor cells. Images of glioblastoma cells grown in multiwell plates were used to extract per-cell descriptors, including nuclear DNA content. We reduced the DNA content data from per-cell descriptors to per-well frequency distributions, which were used to identify compounds affecting cell-cycle phase distribution. We analyzed cells from 15 patient cases representing multiple subtypes of glioblastoma and searched for clusters of cell-cycle phase distributions characterizing similarities in response to 249 compounds at 11 doses. We show that this approach applied in a blind analysis with unlabeled substances identified drugs that are commonly used for treating solid tumors as well as other compounds that are well known for inducing cell-cycle arrest. Redistribution of nuclear DNA content signals is thus a robust metric of cell-cycle arrest in patient-derived glioblastoma cells.

Wählby, Carolina,professor,1974-Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Avdelningen för visuell information och interaktion(Swepub:uu)cli05194 (författare)
Krona, Cecilia,1976-Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi(Swepub:uu)ceckr429 (författare)
Nelander, SvenUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Neuroonkologi(Swepub:uu)svene843 (författare)
Sintorn, Ida-Maria,1976-Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen för visuell information och interaktion(Swepub:uu)idsin102 (författare)
Uppsala universitetAvdelningen för visuell information och interaktion (creator_code:org_t)

Av författaren/redakt...: Matuszewski, Dam ...; Wählby, Carolina ...; Krona, Cecilia, ...; Nelander, Sven; Sintorn, Ida-Mar ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Datorseende och ...

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.