Whole genome resequencing reveals loci under selection during chicken domestication

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Meadows Jennifer) > (2010-2014) > Whole genome resequ...

Whole genome resequencing reveals loci under selection during chicken domestication

Rubin, Carl-Johan (författare): Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University

Zody, Michael C. (författare): Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University, Broad Institute of Harvard

Eriksson, Jonas (författare): Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi

visa fler...

Meadows, Jennifer (författare): Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University

Sherwood, Ellen (författare): Karolinska Institutet

Webster, Matthew T. (författare): Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University

Jiang, Lin (författare): Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University

Ingman, Max (författare): Uppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi,The Rudbeck Laboratory, Uppsala University

Sharpe, Ted (författare): Broad Institute of Harvard and MIT

Besnier, Francois (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics

Ka, Sojeong (författare): Uppsala universitet,Institutionen för neurovetenskap,Department of Neurosceince, Uppsala University

Hallböök, Finn (författare): Uppsala universitet,Medicinsk utvecklingsbiologi,Department of Neurosceince, Uppsala University

Carlborg, Örjan (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences

Bed'hom, Bertrand (författare): INRA, AgroParisTech, Animal Genetics and Integrative Biology

Tixier-Boichard, Michèle (författare): INRA, AgroParisTech, Animal Genetics and Integrative Biology

Jensen, Per (författare): Linköpings universitet,Zoologi,Tekniska högskolan

Siegel, Paul (författare): Virginia Polytechnic Institute and State University, Department of Animal and Poultry Sciences

Lindblad-Toh, Kerstin (författare): Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University, Broad Institute of Harvard and MIT

Andersson, Leif (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics,Uppsala University, Swedish University of Agricultural Sciences

visa färre...

(creator_code:org_t)

2010-03-10
2010
Engelska.
Ingår i: Nature. - London : Springer Science and Business Media LLC. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 464:7288, s. 587-591

Relaterad länk:: https://www.nature.c...; visa fler...; https://liu.diva-por... (primary) (Raw object); https://urn.kb.se/re...; https://doi.org/10.1...; http://kipublication...; https://res.slu.se/i...; https://urn.kb.se/re...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

Domestic animals are excellent models for genetic studies of phenotypic evolution. They have evolved genetic adaptations to a new environment, the farm, and have been subjected to strong human-driven selection leading to remarkable phenotypic changes in morphology, physiology and behaviour. Identifying the genetic changes underlying these developments provides new insight into general mechanisms by which genetic variation shapes phenotypic diversity. Here we describe the use of massively parallel sequencing to identify selective sweeps of favourable alleles and candidate mutations that have had a prominent role in the domestication of chickens (Gallus gallus domesticus) and their subsequent specialization into broiler (meat-producing) and layer (egg-producing) chickens. We have generated 44.5-fold coverage of the chicken genome using pools of genomic DNA representing eight different populations of domestic chickens as well as red jungle fowl (Gallus gallus), the major wild ancestor. We report more than 7,000,000 single nucleotide polymorphisms, almost 1,300 deletions and a number of putative selective sweeps. One of the most striking selective sweeps found in all domestic chickens occurred at the locus for thyroid stimulating hormone receptor (TSHR), which has a pivotal role in metabolic regulation and photoperiod control of reproduction in vertebrates. Several of the selective sweeps detected in broilers overlapped genes associated with growth, appetite and metabolic regulation. We found little evidence that selection for loss-of-function mutations had a prominent role in chicken domestication, but we detected two deletions in coding sequences that we suggest are functionally important. This study has direct application to animal breeding and enhances the importance of the domestic chicken as a model organism for biomedical research.

Ämnesord

NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)

Nyckelord

Genetics
Genetik
Genetics
Genetik
NATURAL SCIENCES

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Nature (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Genetik

Artiklar i publikationen: Nature

Av lärosätet: Uppsala universitet; Karolinska Institutet; Sveriges Lantbruksuniversitet; Linköpings universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se