SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Agback Tatiana)
 

Sökning: WFRF:(Agback Tatiana) > Combined NMR and mo...

  • Agback, TatianaSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för molekylära vetenskaper,Department of Molecular Sciences (författare)

Combined NMR and molecular dynamics conformational filter identifies unambiguously dynamic ensembles of Dengue protease NS2B/NS3pro

  • Artikel/kapitelEngelska2023

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2023

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/333566
  • https://gup.ub.gu.se/publication/333566URI
  • https://doi.org/10.1038/s42003-023-05584-6DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:154504222URI
  • https://res.slu.se/id/publ/127328URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • The dengue protease NS2B/NS3pro has been reported to adopt either an 'open' or a 'closed' conformation. We have developed a conformational filter that combines NMR with MD simulations to identify conformational ensembles that dominate in solution. Experimental values derived from relaxation parameters for the backbone and methyl side chains were compared with the corresponding back-calculated relaxation parameters of different conformational ensembles obtained from free MD simulations. Our results demonstrate a high prevalence for the 'closed' conformational ensemble while the 'open' conformation is absent, indicating that the latter conformation is most probably due to crystal contacts. Conversely, conformational ensembles in which the positioning of the co-factor NS2B results in a 'partially' open conformation, previously described in both MD simulations and X-ray studies, were identified by our conformational filter. Altogether, we believe that our approach allows for unambiguous identification of true conformational ensembles, an essential step for reliable drug discovery. A conformational filter that combines NMR with MD simulations to identify conformational ensembles that dominate in solution suggests dengue protease NS2B/NS3pro predominantly exists in a "closed" conformation.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Lesovoy, Dmitry (författare)
  • Han, XiaoKarolinska Institutet (författare)
  • Lomzov, Alexander (författare)
  • Sun, RenhuaKarolinska Institutet (författare)
  • Sandalova, TatyanaKarolinska Institutet (författare)
  • Orekhov, Vladislav,1966Gothenburg University,Göteborgs universitet,Svenskt NMR-centrum vid Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Swedish NMR Centre at Göteborg University,Department of Chemistry and Molecular Biology(Swepub:gu)xorevl (författare)
  • Achour, AdnaneKarolinska Institutet (författare)
  • Agback, PeterSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för molekylära vetenskaper,Department of Molecular Sciences(Swepub:slu)48657 (författare)
  • Sveriges lantbruksuniversitetInstitutionen för molekylära vetenskaper (creator_code:org_t)
  • Sveriges lantbruksuniversitet

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:COMMUNICATIONS BIOLOGY6:12399-3642

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy