SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Jiao Wei)
 

Sökning: WFRF:(Jiao Wei) > (2020-2023) > A deep learning sys...

  • Jiao, WeiOntario Institute for Cancer Research (författare)

A deep learning system accurately classifies primary and metastatic cancers using passenger mutation patterns

  • Artikel/kapitelEngelska2020

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2020-02-05
  • Springer Science and Business Media LLC,2020
  • 12 s.

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:da9f791d-9dc3-4b4a-abe2-5950389be426
  • https://lup.lub.lu.se/record/da9f791d-9dc3-4b4a-abe2-5950389be426URI
  • https://doi.org/10.1038/s41467-019-13825-8DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:143039307URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype
  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

  • In cancer, the primary tumour's organ of origin and histopathology are the strongest determinants of its clinical behaviour, but in 3% of cases a patient presents with a metastatic tumour and no obvious primary. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, we train a deep learning classifier to predict cancer type based on patterns of somatic passenger mutations detected in whole genome sequencing (WGS) of 2606 tumours representing 24 common cancer types produced by the PCAWG Consortium. Our classifier achieves an accuracy of 91% on held-out tumor samples and 88% and 83% respectively on independent primary and metastatic samples, roughly double the accuracy of trained pathologists when presented with a metastatic tumour without knowledge of the primary. Surprisingly, adding information on driver mutations reduced accuracy. Our results have clinical applicability, underscore how patterns of somatic passenger mutations encode the state of the cell of origin, and can inform future strategies to detect the source of circulating tumour DNA.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Atwal, GurnitOntario Institute for Cancer Research (författare)
  • Polak, PazBroad Institute,Erasmus University Medical Center (författare)
  • Karlic, RosaUniversity of Zagreb (författare)
  • Cuppen, EdwinHartwig Medical Foundation (författare)
  • Danyi, AlexandraUniversity Medical Center Utrecht (författare)
  • de Ridder, JeroenUniversity Medical Center Utrecht (författare)
  • van Herpen, CarlaRadboud University Medical Center (författare)
  • Lolkema, Martijn PErasmus University Medical Center (författare)
  • Steeghs, NeeltjeNetherlands Cancer Institute (författare)
  • Getz, GadBroad Institute (författare)
  • Morris, Quaid DVector Institute for Artificial Intelligence (författare)
  • Stein, Lincoln DOntario Institute for Cancer Research (författare)
  • Al-Shahrour, FatimaSpanish National Cancer Research Center (CNIO) (författare)
  • Zhang, JunjunUniversity of Glasgow (författare)
  • Borg, ÅkeLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Familjär bröstcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Familial Breast Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments(Swepub:lu)onk-abo (creator_code:cre_t)
  • Ringnér, MarkusLund University,Lunds universitet,Molekylär cellbiologi,Biologiska institutionen,Naturvetenskapliga fakulteten,Molecular Cell Biology,Department of Biology,Faculty of Science(Swepub:lu)thep-mri (creator_code:cre_t)
  • Staaf, JohanLund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)onk-jst (creator_code:cre_t)
  • Ontario Institute for Cancer ResearchBroad Institute (creator_code:org_t)
  • PCAWG Tumor Subtypes and Clinical Translation Working Group
  • PCAWG Consortium

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nature Communications: Springer Science and Business Media LLC112041-1723

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy