SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Koren O.)
 

Sökning: WFRF:(Koren O.) > Assemblathon 2 :

LIBRIS Formathandbok  (Information om MARC21)
FältnamnIndikatorerMetadata
00006337naa a2201645 4500
001oai:DiVA.org:kth-201898
003SwePub
008170307s2013 | |||||||||||000 ||eng|
024a https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-2018982 URI
024a https://doi.org/10.1186/2047-217X-2-102 DOI
040 a (SwePub)kth
041 a engb eng
042 9 SwePub
072 7a ref2 swepub-contenttype
072 7a art2 swepub-publicationtype
100a Bradnam, K. R.4 aut
2451 0a Assemblathon 2 :b Evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species
264 1b BioMed Central (BMC),c 2013
338 a print2 rdacarrier
500 a QC 20170307
520 a Background: The process of generating raw genome sequence data continues to become cheaper, faster, and more accurate. However, assembly of such data into high-quality, finished genome sequences remains challenging. Many genome assembly tools are available, but they differ greatly in terms of their performance (speed, scalability, hardware requirements, acceptance of newer read technologies) and in their final output (composition of assembled sequence). More importantly, it remains largely unclear how to best assess the quality of assembled genome sequences. The Assemblathon competitions are intended to assess current state-of-the-art methods in genome assembly. Results: In Assemblathon 2, we provided a variety of sequence data to be assembled for three vertebrate species (a bird, a fish, and snake). This resulted in a total of 43 submitted assemblies from 21 participating teams. We evaluated these assemblies using a combination of optical map data, Fosmid sequences, and several statistical methods. From over 100 different metrics, we chose ten key measures by which to assess the overall quality of the assemblies. Conclusions: Many current genome assemblers produced useful assemblies, containing a significant representation of their genes and overall genome structure. However, the high degree of variability between the entries suggests that there is still much room for improvement in the field of genome assembly and that approaches which work well in assembling the genome of one species may not necessarily work well for another.
650 7a NATURVETENSKAPx Biologi0 (SwePub)1062 hsv//swe
650 7a NATURAL SCIENCESx Biological Sciences0 (SwePub)1062 hsv//eng
653 a Assessment
653 a COMPASS
653 a Genome assembly
653 a Heterozygosity
653 a N50
653 a Scaffolds
653 a accuracy
653 a Article
653 a bird
653 a calculation
653 a fish
653 a fosmid
653 a genome analysis
653 a genome size
653 a mathematical analysis
653 a next generation sequencing
653 a nonhuman
653 a parsimony analysis
653 a prediction
653 a priority journal
653 a snake
653 a validity
653 a vertebrate
700a Fass, J. N.4 aut
700a Alexandrov, A.4 aut
700a Baranay, P.4 aut
700a Bechner, M.4 aut
700a Birol, I.4 aut
700a Boisvert, S.4 aut
700a Chapman, J. A.4 aut
700a Chapuis, G.4 aut
700a Chikhi, R.4 aut
700a Chitsaz, H.4 aut
700a Chou, W. -C4 aut
700a Corbeil, J.4 aut
700a Fabbro, C. D.4 aut
700a Docking, T. R.4 aut
700a Durbin, R.4 aut
700a Earl, D.4 aut
700a Emrich, S.4 aut
700a Fedotov, P.4 aut
700a Fonseca, N. A.4 aut
700a Ganapathy, G.4 aut
700a Gibbs, R. A.4 aut
700a Gnerre, S.4 aut
700a Godzaridis, E.4 aut
700a Goldstein, S.4 aut
700a Haimel, M.4 aut
700a Hall, G.4 aut
700a Haussler, D.4 aut
700a Hiatt, J. B.4 aut
700a Ho, I. Y.4 aut
700a Howard, J.4 aut
700a Hunt, M.4 aut
700a Jackman, S. D.4 aut
700a Jaffe, D. B.4 aut
700a Jarvis, E. D.4 aut
700a Jiang, H.4 aut
700a Kazakov, S.4 aut
700a Kersey, P. J.4 aut
700a Kitzman, J. O.4 aut
700a Knight, J. R.4 aut
700a Koren, S.4 aut
700a Lam, T. -W4 aut
700a Lavenier, D.4 aut
700a Laviolette, F.4 aut
700a Li, Y.4 aut
700a Li, Z.4 aut
700a Liu, B.4 aut
700a Liu, Y.4 aut
700a Luo, R.4 aut
700a MacCallum, I.4 aut
700a MacManes, M. D.4 aut
700a Maillet, N.4 aut
700a Melnikov, S.4 aut
700a Naquin, D.4 aut
700a Ning, Z.4 aut
700a Otto, T. D.4 aut
700a Paten, B.4 aut
700a Paulo, O. S.4 aut
700a Phillippy, A. M.4 aut
700a Pina-Martins, F.4 aut
700a Place, M.4 aut
700a Przybylski, D.4 aut
700a Qin, X.4 aut
700a Qu, C.4 aut
700a Ribeiro, F. J.4 aut
700a Richards, S.4 aut
700a Rokhsar, D. S.4 aut
700a Ruby, J. G.4 aut
700a Scalabrin, S.4 aut
700a Schatz, M. C.4 aut
700a Schwartz, D. C.4 aut
700a Sergushichev, A.4 aut
700a Sharpe, T.4 aut
700a Shaw, T. I.4 aut
700a Shendure, J.4 aut
700a Shi, Y.4 aut
700a Simpson, J. T.4 aut
700a Song, H.4 aut
700a Tsarev, F.4 aut
700a Vezzi, F.u KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab4 aut0 (Swepub:kth)u15mghlt
700a Vicedomini, R.4 aut
700a Vieira, B. M.4 aut
700a Wang, J.4 aut
700a Worley, K. C.4 aut
700a Yin, S.4 aut
700a Yiu, S. -M4 aut
700a Yuan, J.4 aut
700a Zhang, G.4 aut
700a Zhang, H.4 aut
700a Zhou, S.4 aut
700a Korf, I. F.4 aut
710a KTHb Science for Life Laboratory, SciLifeLab4 org
773t GigaScienced : BioMed Central (BMC)g 2:1q 2:1x 2047-217X
8564 8u https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-201898
8564 8u https://doi.org/10.1186/2047-217X-2-10

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy