DSAVE: Detection of misclassified cells in single-cell RNA-Seq data

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Jörnsten Rebecka 1971) > DSAVE: Detection of...

LIBRIS Formathandbok (Information om MARC21)

Fältnamn	Indikatorer	Metadata
000		04702naa a2200481 4500
001		oai:research.chalmers.se:7d6a5ee9-1fc0-4754-bf06-2c7d9dd0f3fc
003		SwePub
008		201220s2020 \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|000 \|\|eng\|
009		oai:gup.ub.gu.se/299171
024	7	a https://research.chalmers.se/publication/5211012 URI
024	7	a https://doi.org/10.1371/journal.pone.02433602 DOI
024	7	a https://gup.ub.gu.se/publication/2991712 URI
040		a (SwePub)cthd (SwePub)gu
041		a engb eng
042		9 SwePub
072	7	a art2 swepub-publicationtype
072	7	a ref2 swepub-contenttype
100	1	a Gustafsson, Johan,d 1976u Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology4 aut0 (Swepub:cth)gustajo
245	1 0	a DSAVE: Detection of misclassified cells in single-cell RNA-Seq data
264		c 2020-12-03
264	1	b Public Library of Science (PLoS),c 2020
338		a electronic2 rdacarrier
520		a Single-cell RNA sequencing has become a valuable tool for investigating cell types in complex tissues, where clustering of cells enables the identification and comparison of cell populations. Although many studies have sought to develop and compare different clustering approaches, a deeper investigation into the properties of the resulting populations is lacking. Specifically, the presence of misclassified cells can influence downstream analyses, highlighting the need to assess subpopulation purity and to detect such cells. We developed DSAVE (Down-SAmpling based Variation Estimation), a method to evaluate the purity of single-cell transcriptome clusters and to identify misclassified cells. The method utilizes down-sampling to eliminate differences in sampling noise and uses a log-likelihood based metric to help identify misclassified cells. In addition, DSAVE estimates the number of cells needed in a population to achieve a stable average gene expression profile within a certain gene expression range. We show that DSAVE can be used to find potentially misclassified cells that are not detectable by similar tools and reveal the cause of their divergence from the other cells, such as differing cell state or cell type. With the growing use of single-cell RNA-seq, we foresee that DSAVE will be an increasingly useful tool for comparing and purifying subpopulations in single-cell RNA-Seq datasets.
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Cellbiologi0 (SwePub)106042 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Cell Biology0 (SwePub)106042 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Immunologi0 (SwePub)106052 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Immunology0 (SwePub)106052 hsv//eng
650	7	a MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAPx Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaperx Cell- och molekylärbiologi0 (SwePub)301082 hsv//swe
650	7	a MEDICAL AND HEALTH SCIENCESx Basic Medicinex Cell and Molecular Biology0 (SwePub)301082 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Bioinformatik och systembiologi0 (SwePub)106102 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Bioinformatics and Systems Biology0 (SwePub)106102 hsv//eng
700	1	a Robinson, Jonathan,d 1986u Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology4 aut0 (Swepub:cth)jonrob
700	1	a Inda Diaz, Juan Salvador,d 1984u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,Department of Mathematical Sciences4 aut0 (Swepub:gu)xindju
700	1	a Björnson, Elias,d 1988u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för molekylär och klinisk medicin,Institute of Medicine, Department of Molecular and Clinical Medicine4 aut0 (Swepub:gu)xbelia
700	1	a Jörnsten, Rebecka,d 1971u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,Department of Mathematical Sciences4 aut0 (Swepub:cth)jornsten
700	1	a Nielsen, Jens B,d 1962u BioInnovation Institute (BII),Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology4 aut0 (Swepub:cth)nielsenj
710	2	a Chalmers tekniska högskolab Institutionen för matematiska vetenskaper4 org
773	0	t PLoS ONEd : Public Library of Science (PLoS)g 15:12 Decemberq 15:12 Decemberx 1932-6203x 1932-6203
856	4	u https://research.chalmers.se/publication/521101/file/521101_Fulltext.pdfx primaryx freey FULLTEXT
856	4	u https://journals.plos.org/plosone/article/file?id=10.1371/journal.pone.0243360&type=printable
856	4 8	u https://research.chalmers.se/publication/521101
856	4 8	u https://doi.org/10.1371/journal.pone.0243360
856	4 8	u https://gup.ub.gu.se/publication/299171

Hitta via bibliotek

PLoS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Gustafsson, Joha ...; Robinson, Jonath ...; Inda Diaz, Juan ...; Björnson, Elias, ...; Jörnsten, Rebeck ...; Nielsen, Jens B, ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Cellbiologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Immunologi

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Cell och molekyl ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

Artiklar i publikationen: PLoS ONE

Av lärosätet: Chalmers tekniska högskola; Göteborgs universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se