Sources of variation in cell-type RNA-Seq profiles

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Jörnsten Rebecka 1971) > Sources of variatio...

LIBRIS Formathandbok (Information om MARC21)

Fältnamn	Indikatorer	Metadata
000		05061naa a2200517 4500
001		oai:gup.ub.gu.se/297613
003		SwePub
008		240528s2020 \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|000 \|\|eng\|
009		oai:research.chalmers.se:a4141d95-5257-4cb1-ac4e-af092d9f3bea
024	7	a https://gup.ub.gu.se/publication/2976132 URI
024	7	a https://doi.org/10.1371/journal.pone.02394952 DOI
024	7	a https://research.chalmers.se/publication/5194442 URI
040		a (SwePub)gud (SwePub)cth
041		a eng
042		9 SwePub
072	7	a ref2 swepub-contenttype
072	7	a art2 swepub-publicationtype
100	1	a Gustafsson, Johan,d 1976u Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology4 aut0 (Swepub:cth)gustajo
245	1 0	a Sources of variation in cell-type RNA-Seq profiles
264		c 2020-09-21
264	1	b Public Library of Science (PLoS),c 2020
520		a Cell-type specific gene expression profiles are needed for many computational methods operating on bulk RNA-Seq samples, such as deconvolution of cell-type fractions and digital cytometry. However, the gene expression profile of a cell type can vary substantially due to both technical factors and biological differences in cell state and surroundings, reducing the efficacy of such methods. Here, we investigated which factors contribute most to this variation. We evaluated different normalization methods, quantified the variance explained by different factors, evaluated the effect on deconvolution of cell type fractions, and examined the differences between UMI-based single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq. We investigated a collection of publicly available bulk and single-cell RNA-Seq datasets containing B and T cells, and found that the technical variation across laboratories is substantial, even for genes specifically selected for deconvolution, and this variation has a confounding effect on deconvolution. Tissue of origin is also a substantial factor, highlighting the challenge of using cell type profiles derived from blood with mixtures from other tissues. We also show that much of the differences between UMI-based single-cell and bulk RNA-Seq methods can be explained by the number of read duplicates per mRNA molecule in the single-cell sample. Our work shows the importance of either matching or correcting for technical factors when creating cell-type specific gene expression profiles that are to be used together with bulk samples.
650	7	a MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAPx Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaperx Medicinsk genetik0 (SwePub)301072 hsv//swe
650	7	a MEDICAL AND HEALTH SCIENCESx Basic Medicinex Medical Genetics0 (SwePub)301072 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Immunologi0 (SwePub)106052 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Immunology0 (SwePub)106052 hsv//eng
650	7	a MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAPx Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaperx Cell- och molekylärbiologi0 (SwePub)301082 hsv//swe
650	7	a MEDICAL AND HEALTH SCIENCESx Basic Medicinex Cell and Molecular Biology0 (SwePub)301082 hsv//eng
650	7	a MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAPx Medicinsk bioteknologix Medicinsk bioteknologi0 (SwePub)304012 hsv//swe
650	7	a MEDICAL AND HEALTH SCIENCESx Medical Biotechnologyx Medical Biotechnology0 (SwePub)304012 hsv//eng
653		a messenger-rna
653		a package
653		a genes
653		a Science & Technology - Other Topics
700	1	a Held, Felixu Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,Department of Mathematical Sciences,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology4 aut0 (Swepub:cth)hefelix
700	1	a Robinson, Jonathan,d 1986u Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology4 aut0 (Swepub:cth)jonrob
700	1	a Björnson, Elias,d 1988u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Wallenberglaboratoriet,Wallenberg Laboratory,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,University of Gothenburg4 aut0 (Swepub:cth)eliasb
700	1	a Jörnsten, Rebecka,d 1971u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,Department of Mathematical Sciences,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology4 aut0 (Swepub:cth)jornsten
700	1	a Nielsen, Jens B,d 1962u Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,BioInnovation Institute (BII)4 aut0 (Swepub:cth)nielsenj
710	2	a Chalmers tekniska högskolab Institutionen för matematiska vetenskaper4 org
773	0	t PLoS ONEd : Public Library of Science (PLoS)g 15:9q 15:9x 1932-6203
856	4	u https://journals.plos.org/plosone/article/file?id=10.1371/journal.pone.0239495&type=printable
856	4	u https://research.chalmers.se/publication/519444/file/519444_Fulltext.pdfx primaryx freey FULLTEXT
856	4 8	u https://gup.ub.gu.se/publication/297613
856	4 8	u https://doi.org/10.1371/journal.pone.0239495
856	4 8	u https://research.chalmers.se/publication/519444

Hitta via bibliotek

PLoS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Gustafsson, Joha ...; Held, Felix; Robinson, Jonath ...; Björnson, Elias, ...; Jörnsten, Rebeck ...; Nielsen, Jens B, ...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Immunologi

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Cell och molekyl ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinsk biotek ...; och Medicinsk biotek ...

Artiklar i publikationen: PLoS ONE

Av lärosätet: Göteborgs universitet; Chalmers tekniska högskola

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se