WFRF:(Ji Boyang 1983)
Sökning: WFRF:(Ji Boyang 1983) > CODY enables quanti...
- 21 av 60
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
CODY enables quantitatively spatiotemporal predictions on in vivo gut microbial variability induced by diet intervention
-
- Geng, Jun, 1985 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Ji, Boyang, 1983 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Li, Gang, 1991 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
- visa fler...
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- 2021-03-22
- 2021
- Engelska.
- Ingår i: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - : Proceedings of the National Academy of Sciences. - 0027-8424 .- 1091-6490. ; 118:13
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Microbial variations in the human gut are harbored in temporal and spatial heterogeneity, and quantitative prediction of spatiotemporal dynamic changes in the gut microbiota is imperative for development of tailored microbiome-directed therapeutics treatments, e.g. precision nutrition. Given the high-degree complexity of microbial variations, subject to the dynamic interactions among host, microbial, and environmental factors, identifying how microbiota colonize in the gut represents an important challenge. Here we present COmputing the DYnamics of microbiota (CODY), a multiscale framework that integrates species-level modeling of microbial dynamics and ecosystem-level interactions into a mathematical model that characterizes spatial-specific in vivo microbial residence in the colon as impacted by host physiology. The framework quantifies spatiotemporal resolution of microbial variations on species-level abundance profiles across site-specific colon regions and in feces, independent of a priori knowledge. We demonstrated the effectiveness of CODY using cross-sectional data from two longitudinal metagenomics studies—the microbiota development during early infancy and during short-term diet intervention of obese adults. For each cohort, CODY correctly predicts the microbial variations in response to diet intervention, as validated by available metagenomics and metabolomics data. Model simulations provide insight into the biogeographical heterogeneity among lumen, mucus, and feces, which provides insight into how host physical forces and spatial structure are shaping microbial structure and functionality.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Geovetenskap och miljövetenskap -- Naturgeografi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Earth and Related Environmental Sciences -- Physical Geography (hsv//eng)
Nyckelord
- Systems biology
- Gastrointestinal
- Gut microbiota
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 21 av 60
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Geng, Jun, 1985
- Ji, Boyang, 1983
- Li, Gang, 1991
- López-Isunza, Fe ...
- Nielsen, Jens B, ...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Data och informa ...
- och Bioinformatik
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Bioinformatik oc ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Geovetenskap och ...
- och Naturgeografi
- Artiklar i publikationen
- Proceedings of t ...
- Av lärosätet
- Chalmers tekniska högskola
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
