Detection of RNA-DNA binding sites in long noncoding RNAs.

Long non-coding RNAs (lncRNAs) can act as scaffolds that promote the interaction of proteins, RNA, and DNA. There is increasing evidence of sequence-specific interactions of lncRNAs with DNA via triple-helix (triplex) formation. This process allows lncRNAs to recruit protein complexes to specific genomic regions and regulate gene expression. Here we propose a computational method called Triplex Domain Finder (TDF) to detect triplexes and characterize DNA-binding domains and DNA targets statistically. Case studies showed that this approach can detect the known domains of lncRNAs Fendrr, HOTAIR and MEG3. Moreover, we validated a novel DNA-binding domain in MEG3 by a genome-wide sequencing method. We used TDF to perform a systematic analysis of the triplex-forming potential of lncRNAs relevant to human cardiac differentiation. We demonstrated that the lncRNA with the highest triplex-forming potential, GATA6-AS, forms triple helices in the promoter of genes relevant to cardiac development. Moreover, down-regulation of GATA6-AS impairs GATA6 expression and cardiac development. These data indicate the unique ability of our computational tool to identify novel triplex-forming lncRNAs and their target genes.

Hänzelmann, Sonja (författare)
Sentürk Cetin, Nevcin (författare)
Frank, Stefan (författare)
Zajzon, Barna (författare)
Derks, Jens-Peter (författare)
Akhade, Vijay SureshGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology(Swepub:gu)xakhvi (författare)
Ahuja, Gaurav (författare)
Kanduri, Chandrasekhar,1967Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology(Swepub:gu)xchaka (författare)
Grummt, Ingrid (författare)
Kurian, Leo (författare)
Costa, Ivan G (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi (creator_code:org_t)

Ingår i:Nucleic acids research: Oxford University Press (OUP)47:61362-49620305-1048

Av författaren/redakt...: Kuo, Chao-Chung; Hänzelmann, Sonj ...; Sentürk Cetin, N ...; Frank, Stefan; Zajzon, Barna; Derks, Jens-Pete ...; visa fler...; Akhade, Vijay Su ...; Ahuja, Gaurav; Kanduri, Chandra ...; Grummt, Ingrid; Kurian, Leo; Costa, Ivan G; visa färre...

Om ämnet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.