Pixel-based analysis of FRAP data with a general initial bleaching profile

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Hagman Joel) > Pixel-based analysi...

Pixel-based analysis of FRAP data with a general initial bleaching profile

Jonasson, Jenny, 1976 (författare): RISE,Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,University of Gothenburg,SIK – Institutet för livsmedel och bioteknik

Hagman, Joel H, 1983 (författare): Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology

Lorén, Niklas, 1970 (författare): RISE,SIK – Institutet för livsmedel och bioteknik

visa fler...

Bernin, Diana, 1979 (författare): Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology

Nydén, Magnus, 1970 (författare): Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology

Rudemo, Mats, 1937 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,University of Gothenburg

visa färre...

(creator_code:org_t)

Wiley, 2010
2010
Engelska.
Ingår i: Journal of Microscopy. - : Wiley. - 0022-2720 .- 1365-2818. ; 239:2, s. 142-153

Relaterad länk:: http://dx.doi.org/10...; visa fler...; http://www.scopus.co...; https://gup.ub.gu.se...; https://doi.org/10.1...; https://research.cha...; https://urn.kb.se/re...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

Jonasson et al. (2008), we presented a new pixel-based maximum likelihood framework for the estimation of diffusion coefficients from data on fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) with confocal laser scanning microscopy (CLSM). The main method there, called the Gaussian profile method below, is based on the assumption that the initial intensity profile after photobleaching is approximately Gaussian. In the present paper, we introduce a method, called the Monotone profile method, where the maximum likelihood framework is extended to a general initial bleaching profile only assuming that the profile is a non-decreasing function of the distance to the bleaching centre. The statistical distribution of the image noise is further assumed to be Poisson instead of normal, which should be a more realistic description of the noise in the detector. The new Monotone profile method and the Gaussian profile method are applied to FRAP data on swelling of super absorbent polymers (SAP) in water with a Fluorescein probe. The initial bleaching profile is close to a step function at low degrees of swelling and close to a Gaussian profile at high degrees of swelling. The results obtained from the analysis of the FRAP data are corroborated with NMR diffusometry analysis of SAP with a polyethylene glycol probe having size similar to the Fluorescein. The comparison of the Gaussian and Monotone profile methods is also performed by use of simulated data. It is found that the new Monotone profile method is accurate for all types of initial profiles studied, but it suffers from being computationally slow. The fast Gaussian profile method is sufficiently accurate for most of the profiles studied, but underestimates the diffusion coefficient for profiles close to a step function. We also provide a diagnostic plot, which indicates whether the Gaussian profile method is acceptable or not.

Ämnesord

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER -- Kemiteknik (hsv//swe)
ENGINEERING AND TECHNOLOGY -- Chemical Engineering (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Matematik -- Sannolikhetsteori och statistik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Mathematics -- Probability Theory and Statistics (hsv//eng)
LANTBRUKSVETENSKAPER -- Lantbruksvetenskap, skogsbruk och fiske -- Livsmedelsvetenskap (hsv//swe)
AGRICULTURAL SCIENCES -- Agriculture, Forestry and Fisheries -- Food Science (hsv//eng)

Nyckelord

FRAP
Diffusion
MLE
CLSM
isotonic regression
maximum likelihood
super absorbent
fluorescence recovery
Diffusion

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Journal of Microscopy (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Jonasson, Jenny, ...; Hagman, Joel H, ...; Lorén, Niklas, 1 ...; Bernin, Diana, 1 ...; Nydén, Magnus, 1 ...; Rudemo, Mats, 19 ...

Om ämnet

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER: TEKNIK OCH TEKNO ...; och Kemiteknik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Matematik; och Sannolikhetsteor ...

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Lantbruksvetensk ...; och Livsmedelsvetens ...

Artiklar i publikationen: Journal of Micro ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet; Chalmers tekniska högskola; RISE

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se