Sökning: WFRF:(Lindgren Andrea) >
Using Whole-Exome S...
-
Green, HenrikKTH,Linköpings universitet,Avdelningen för läkemedelsforskning,Medicinska fakulteten,Division of Gene Technology, Royal Institute of Technology, Solna, Sweden/ Royal Institute Technology, Sweden; National Board Forens Med, Department Forens Genet and Forens Toxicol, Linkoping, Sweden,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Linköping University, Sweden; National Board of Forensic Medicine, Sweden
(författare)
Using Whole-Exome Sequencing to Identify Genetic Markers for Carboplatin and Gemcitabine-Induced Toxicities
- Artikel/kapitelEngelska2016
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
AMER ASSOC CANCER RESEARCH,2016
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:liu-125314
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-125314URI
-
https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-15-0964DOI
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-182787URI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:132850469URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Funding Agencies|European Commission [CHEMORES LSHC-CT-2007-037665]; Swedish Cancer Society; Swedish Research Council; Fondkistan; Stiftelsen Sigurd och Elsa Goljes Minne; Marcus Borgstroms stiftelse
-
QC 20160223
-
Purpose: Chemotherapies are associated with significant interindividual variability in therapeutic effect and adverse drug reactions. In lung cancer, the use of gemcitabine and carboplatin induces grade 3 or 4 myelosuppression in about a quarter of the patients, while an equal fraction of patients is basically unaffected in terms of myelosuppressive side effects. We therefore set out to identify genetic markers for gemcitabine/carboplatin-induced myelosuppression. Experimental Design: We exome sequenced 32 patients that suffered extremely high neutropenia and thrombocytopenia (grade 3 or 4 after first chemotherapy cycle) or were virtually unaffected (grade 0 or 1). The genetic differences/polymorphism between the groups were compared using six different bioinformatics strategies: (i) whole-exome nonsynonymous single-nucleotide variants association analysis, (ii) deviation from Hardy-Weinberg equilibrium, (iii) analysis of genes selected by a priori biologic knowledge, (iv) analysis of genes selected from gene expression meta-analysis of toxicity datasets, (v) Ingenuity Pathway Analysis, and (vi) FunCoup network enrichment analysis. Results: A total of 53 genetic variants that differed among these groups were validated in an additional 291 patients and were correlated to the patients myelosuppression. In the validation, we identified rs1453542 in OR4D6 (P = 0.0008; OR, 5.2; 95% CI, 1.8-18) as a marker for gemcitabine/carboplatin-induced neutropenia and rs5925720 in DDX53 (P = 0.0015; OR, 0.36; 95% CI, 0.17-0.71) as a marker for thrombocytopenia. Patients homozygous for the minor allele of rs1453542 had a higher risk of neutropenia, and for rs5925720 the minor allele was associated with a lower risk for thrombocytopenia. Conclusions: We have identified two new genetic markers with the potential to predict myelosuppression induced by gemcitabine/ carboplatin chemotherapy. (C)2015 AACR.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Hasmats, JohannaKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Royal Institute Technology, Sweden(Swepub:kth)u1ft3jn1
(författare)
-
Kupershmidt, IlyaKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Royal Institute Technology, Sweden; NextBio, CA USA(Swepub:kth)u1zcsgow
(författare)
-
Edsgärd, DanielKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Royal Institute Technology, Sweden(Swepub:kth)u1ykprt1
(författare)
-
de Petris, LuigiKarolinska Institutet,Karolinska Institute, Sweden; Karolinska University Hospital, Sweden
(författare)
-
Lewensohn, RolfKarolinska Institutet,Karolinska Institute, Sweden; Karolinska University Hospital, Sweden
(författare)
-
Blackhall, FionaChristie Hospital, England; University of Manchester, England
(författare)
-
Vikingsson, SvanteLinköpings universitet,Avdelningen för läkemedelsforskning,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)svavi08
(författare)
-
Besse, BenjaminUniversity of Paris 11, France
(författare)
-
Lindgren, AndreaLinköpings universitet,Institutionen för medicin och hälsa,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Fysiologiska kliniken US,Region Östergötland, Lungmedicinska kliniken US(Swepub:liu)andko90
(författare)
-
Branden, EvaKarolinska Institute, Sweden; Karolinska University Hospital, Sweden
(författare)
-
Koyi, HirshKarolinska Institutet,Karolinska Institute, Sweden; Karolinska University Hospital, Sweden
(författare)
-
Peterson, CurtLinköpings universitet,Avdelningen för läkemedelsforskning,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Onkologiska kliniken US(Swepub:liu)curpe13
(författare)
-
Lundeberg, JoakimKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Royal Institute Technology, Sweden(Swepub:kth)u1qkn9kw
(författare)
-
Linköpings universitetAvdelningen för läkemedelsforskning
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Clinical Cancer Research: AMER ASSOC CANCER RESEARCH22:2, s. 366-3731078-04321557-3265
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Green, Henrik
-
Hasmats, Johanna
-
Kupershmidt, Ily ...
-
Edsgärd, Daniel
-
de Petris, Luigi
-
Lewensohn, Rolf
-
visa fler...
-
Blackhall, Fiona
-
Vikingsson, Svan ...
-
Besse, Benjamin
-
Lindgren, Andrea
-
Branden, Eva
-
Koyi, Hirsh
-
Peterson, Curt
-
Lundeberg, Joaki ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
Clinical Cancer ...
- Av lärosätet
-
Linköpings universitet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Karolinska Institutet