SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Ollila J)
 

Sökning: WFRF:(Ollila J) > Sharing Data from M...

  • Abraham, Mark JamesKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab (författare)

Sharing Data from Molecular Simulations

  • Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2019-09-17
  • AMER CHEMICAL SOC,2019
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-266543
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-266543URI
  • https://doi.org/10.1021/acs.jcim.9b00665DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-178586URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • QC 20200131
  • Given the need for modern researchers to produce open, reproducible scientific output, the lack of standards and best practices for sharing data and workflows used to produce and analyze molecular dynamics (MD) simulations has become an important issue in the field. There are now multiple well-established packages to perform molecular dynamics simulations, often highly tuned for exploiting specific classes of hardware, each with strong communities surrounding them, but with very limited interoperability/transferability options. Thus, the choice of the software package often dictates the workflow for both simulation production and analysis. The level of detail in documenting the workflows and analysis code varies greatly in published work, hindering reproducibility of the reported results and the ability for other researchers to build on these studies. An increasing number of researchers are motivated to make their data available, but many challenges remain in order to effectively share and reuse simulation data. To discuss these and other issues related to best practices in the field in general, we organized a workshop in November 2018 (https://bioexcel.eu/events/workshop-on-sharing-data-from-molecular-simulations/). Here, we present a brief overview of this workshop and topics discussed. We hope this effort will spark further conversation in the MD community to pave the way toward more open, interoperable, and reproducible outputs coming from research studies using MD simulations.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Apostolov, RossenKTH,Parallelldatorcentrum, PDC(Swepub:kth)u1o64um1 (författare)
  • Barnoud, JonathanUniv Groningen, NL-9712 CP Groningen, Netherlands.;Univ Bristol, Intangible Real Lab, Bristol, Avon, England. (författare)
  • Bauer, PaulKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1bbghyj (författare)
  • Blau, ChristianKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u10ree13 (författare)
  • Bonvin, Alexandre M. J. J.Univ Utrecht, Bijvoet Ctr, Fac Sci, Utrecht, Netherlands. (författare)
  • Chavent, MatthieuUniv Paul Sabatier, IPBS, F-31062 Toulouse, France. (författare)
  • Chodera, JohnMem Sloan Kettering Canc Ctr, Sloan Kettering Inst, Computat & Syst Biol Program, New York, NY 10065 USA. (författare)
  • Condic-Jurkic, KarmenMem Sloan Kettering Canc Ctr, Sloan Kettering Inst, Computat & Syst Biol Program, New York, NY 10065 USA.;Open Force Field Consortium, La Jolla, CA USA. (författare)
  • Delemotte, LucieKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u15w0he7 (författare)
  • Grubmueller, HelmutMax Planck Inst Biophys Chem, D-37077 Gottingen, Germany. (författare)
  • Howard, RebeccaStockholms universitet,KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)rhowa (författare)
  • Jordan, E. JosephStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)jojo8025 (författare)
  • Lindahl, Erik,1972-Stockholms universitet,KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),KTH Royal Institute of Technology, Sweden(Swepub:su)erlin (författare)
  • Ollila, O. H. SamuliUniv Helsinki, Inst Biotechnol, SF-00100 Helsinki, Finland. (författare)
  • Selent, JanaPompeu Fabra Univ, Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat, Barcelona 08002, Spain.;Pompeu Fabra Univ, Dept Expt & Hlth Sci, Barcelona 08002, Spain. (författare)
  • Smith, Daniel G. A.Mol Sci Software Inst, Blacksburg, VA 24060 USA. (författare)
  • Stansfeld, Phillip J.Univ Oxford, Dept Biochem, Oxford OX1 2JD, England.;Univ Warwick, Sch Life Sci, Coventry CV4 7AL, W Midlands, England.;Univ Warwick, Dept Chem, Coventry CV4 7AL, W Midlands, England. (författare)
  • Tiemann, Johanna K. S.Univ Leipzig, Fac Med, Inst Med Phys & Biophys, D-04107 Leipzig, Germany. (författare)
  • Trellet, MikaelUniv Utrecht, Bijvoet Ctr, Fac Sci, Utrecht, Netherlands. (författare)
  • Woods, ChristopherUniv Bristol, Bristol BS8 1TH, Avon, England. (författare)
  • Zhmurov, ArtemKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u17tvbr9 (författare)
  • KTHScience for Life Laboratory, SciLifeLab (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Journal of Chemical Information and Modeling: AMER CHEMICAL SOC59:10, s. 4093-40991549-95961549-960X

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy