SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(van Dam Nicole M.)
 

Sökning: WFRF:(van Dam Nicole M.) > An atlas of genetic...

  • Xu, Yu (författare)

An atlas of genetic scores to predict multi-omic traits

  • Artikel/kapitelEngelska2023

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2023-03-29
  • Springer Nature,2023
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-500879
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-500879URI
  • https://doi.org/10.1038/s41586-023-05844-9DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:152565484URI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:155150411URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • The use of omic modalities to dissect the molecular underpinnings of common diseases and traits is becoming increasingly common. But multi-omic traits can be genetically predicted, which enables highly cost-effective and powerful analyses for studies that do not have multi-omics1. Here we examine a large cohort (the INTERVAL study2; n = 50,000 participants) with extensive multi-omic data for plasma proteomics (SomaScan, n = 3,175; Olink, n = 4,822), plasma metabolomics (Metabolon HD4, n = 8,153), serum metabolomics (Nightingale, n = 37,359) and whole-blood Illumina RNA sequencing (n = 4,136), and use machine learning to train genetic scores for 17,227 molecular traits, including 10,521 that reach Bonferroni-adjusted significance. We evaluate the performance of genetic scores through external validation across cohorts of individuals of European, Asian and African American ancestries. In addition, we show the utility of these multi-omic genetic scores by quantifying the genetic control of biological pathways and by generating a synthetic multi-omic dataset of the UK Biobank3 to identify disease associations using a phenome-wide scan. We highlight a series of biological insights with regard to genetic mechanisms in metabolism and canonical pathway associations with disease; for example, JAK-STAT signalling and coronary atherosclerosis. Finally, we develop a portal ( https://www.omicspred.org/ ) to facilitate public access to all genetic scores and validation results, as well as to serve as a platform for future extensions and enhancements of multi-omic genetic scores.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Ritchie, Scott C (författare)
  • Liang, Yujian (författare)
  • Timmers, Paul R H J (författare)
  • Pietzner, Maik (författare)
  • Lannelongue, Loïc (författare)
  • Lambert, Samuel A (författare)
  • Tahir, Usman A (författare)
  • May-Wilson, Sebastian (författare)
  • Foguet, Carles (författare)
  • Johansson, ÅsaUppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)asjoh108 (författare)
  • Surendran, Praveen (författare)
  • Nath, Artika P (författare)
  • Persyn, Elodie (författare)
  • Peters, James E (författare)
  • Oliver-Williams, Clare (författare)
  • Deng, Shuliang (författare)
  • Prins, Bram (författare)
  • Luan, Jian'an (författare)
  • Bomba, Lorenzo (författare)
  • Soranzo, Nicole (författare)
  • Di Angelantonio, Emanuele (författare)
  • Pirastu, Nicola (författare)
  • Tai, E Shyong (författare)
  • van Dam, Rob M (författare)
  • Parkinson, Helen (författare)
  • Davenport, Emma E (författare)
  • Paul, Dirk S (författare)
  • Yau, Christopher (författare)
  • Gerszten, Robert E (författare)
  • Mälarstig, Anders (författare)
  • Danesh, John (författare)
  • Sim, Xueling (författare)
  • Langenberg, Claudia (författare)
  • Wilson, James F (författare)
  • Butterworth, Adam S (författare)
  • Inouye, Michael (författare)
  • Uppsala universitetInstitutionen för immunologi, genetik och patologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nature: Springer Nature616:7955, s. 123-1310028-08361476-4687

Internetlänk

Hitta via bibliotek

  • Nature (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy