Computational toxicology using the OpenTox application programming interface and Bioclipse

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Jeliazkova Nina) > Computational toxic...

Willighagen, EgonKarolinska Institutet,Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap (författare)

Computational toxicology using the OpenTox application programming interface and Bioclipse

Artikel/kapitelEngelska2011

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2011-11-10
Springer Science and Business Media LLC,2011
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-160867
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-160867URI
https://doi.org/10.1186/1756-0500-4-487DOI
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:222075173URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Background: Toxicity is a complex phenomenon involving the potential adverse effect on a range of biological functions. Predicting toxicity involves using a combination of experimental data (endpoints) and computational methods to generate a set of predictive models. Such models rely strongly on being able to integrate information from many sources. The required integration of biological and chemical information sources requires, however, a common language to express our knowledge ontologically, and interoperating services to build reliable predictive toxicology applications. Findings: This article describes progress in extending the integrative bio- and cheminformatics platform Bioclipse to interoperate with OpenTox, a semantic web framework which supports open data exchange and toxicology model building. The Bioclipse workbench environment enables functionality from OpenTox web services and easy access to OpenTox resources for evaluating toxicity properties of query molecules. Relevant cases and interfaces based on ten neurotoxins are described to demonstrate the capabilities provided to the user. The integration takes advantage of semantic web technologies, thereby providing an open and simplifying communication standard. Additionally, the use of ontologies ensures proper interoperation and reliable integration of toxicity information from both experimental and computational sources. Conclusions: A novel computational toxicity assessment platform was generated from integration of two open science platforms related to toxicology: Bioclipse, that combines a rich scriptable and graphical workbench environment for integration of diverse sets of information sources, and OpenTox, a platform for interoperable toxicology data and computational services. The combination provides improved reliability and operability for handling large data sets by the use of the Open Standards from the OpenTox Application Programming Interface. This enables simultaneous access to a variety of distributed predictive toxicology databases, and algorithm and model resources, taking advantage of the Bioclipse workbench handling the technical layers.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
Bioinformatik
Bioinformatics

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Jeliazkova, NinaIdeaconsult Ltd (författare)
Hardy, BarryDouglas Connect (författare)
Grafström, RolandKarolinska Institutet (författare)
Spjuth, Ola,1977-Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Farmaceutisk bioinformatik(Swepub:uu)olspj499 (författare)
Uppsala universitetInstitutionen för farmaceutisk biovetenskap (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:BMC Research Notes: Springer Science and Business Media LLC4:1, s. 487-1756-0500

Internetlänk

Hitta via bibliotek

BMC Research Notes (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Willighagen, Ego ...; Jeliazkova, Nina; Hardy, Barry; Grafström, Rolan ...; Spjuth, Ola, 197 ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Bioinformatik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

Artiklar i publikationen: BMC Research Not ...

Av lärosätet: Uppsala universitet; Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se