SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Åman J.)
 

Sökning: WFRF:(Åman J.) > Cell Cycle and Cell...

LIBRIS Formathandbok  (Information om MARC21)
FältnamnIndikatorerMetadata
00004845naa a2200553 4500
001oai:gup.ub.gu.se/254812
003SwePub
008240528s2017 | |||||||||||000 ||eng|
0247 a https://gup.ub.gu.se/publication/2548122 URI
0247 a https://doi.org/10.3389/fgene.2017.000012 DOI
040 a (SwePub)gu
041 a eng
042 9 SwePub
072 7a ref2 swepub-contenttype
072 7a art2 swepub-publicationtype
1001 a Dolatabadi, Soheilau Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för patologi,Sahlgrenska Cancer Center,Institute of Biomedicine, Department of Pathology4 aut0 (Swepub:gu)xdolso
2451 0a Cell Cycle and Cell Size Dependent Gene Expression Reveals Distinct Subpopulations at Single-Cell Level
264 c 2017-01-25
264 1b Frontiers Media SA,c 2017
520 a Cell proliferation includes a series of events that is tightly regulated by several checkpoints and layers of control mechanisms. Most studies have been performed on large cell populations, but detailed understanding of cell dynamics and heterogeneity requires single-cell analysis. Here, we used quantitative real-time PCR, profiling the expression of 93 genes in single-cells from three different cell lines. Individual unsynchronized cells from three different cell lines were collected in different cell cycle phases (GO/G1 - S - G2/M) with variable cell sizes. We found that the total transcript level per cell and the expression of most individual genes correlated with progression through the cell cycle, but not with cell size. By applying the random forests algorithm, a supervised machine learning approach, we show how a multi-gene signature that classifies individual cells into their correct cell cycle phase and cell size can be generated. To identify the most predictive genes we used a variable selection strategy. Detailed analysis of cell cycle predictive genes allowed us to define subpopulations with distinct gene expression profiles and to calculate a cell cycle index that illustrates the transition of cells between cell cycle phases. In conclusion, we provide useful experimental approaches and bioinformatics to identify informative and predictive genes at the single-cell level, which opens up new means to describe and understand cell proliferation and subpopulation dynamics.
650 7a MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAPx Medicinsk bioteknologi0 (SwePub)3042 hsv//swe
650 7a MEDICAL AND HEALTH SCIENCESx Medical Biotechnology0 (SwePub)3042 hsv//eng
653 a cell cycle
653 a cell size
653 a single-cell gene expression
653 a machine learning
653 a variable selection
653 a random forests
653 a cell subpopulations
653 a cell transitions
653 a mammalian-cells
653 a transcription
653 a breast
653 a roles
653 a dna
653 a Genetics & Heredity
7001 a Candia, J.4 aut
7001 a Akrap, Ninau Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för patologi,Sahlgrenska Cancer Center,Institute of Biomedicine, Department of Pathology4 aut0 (Swepub:gu)xakrni
7001 a Vannas, Christofferu Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för patologi,Sahlgrenska Cancer Center,Institute of Biomedicine, Department of Pathology4 aut0 (Swepub:gu)xvanch
7001 a Tomic, Tajana Tesanu Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för patologi,Sahlgrenska Cancer Center,Institute of Biomedicine, Department of Pathology4 aut0 (Swepub:gu)xtesta
7001 a Losert, W.4 aut
7001 a Landberg, Göran,d 1963u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för patologi,Sahlgrenska Cancer Center,Institute of Biomedicine, Department of Pathology4 aut0 (Swepub:gu)xlgora
7001 a Åman, Pierre,d 1953u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för patologi,Sahlgrenska Cancer Center,Institute of Biomedicine, Department of Pathology4 aut0 (Swepub:gu)xamapi
7001 a Ståhlberg, Anders,d 1975u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Sahlgrenska Cancer Center,Institutionen för biomedicin, avdelningen för patologi,Institute of Biomedicine, Department of Pathology4 aut0 (Swepub:gu)xsandw
7102 a Göteborgs universitetb Institutionen för biomedicin, avdelningen för patologi4 org
7730 t Frontiers in Geneticsd : Frontiers Media SAg 8q 8x 1664-8021
8564 u https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2017.00001/pdf
8564 8u https://gup.ub.gu.se/publication/254812
8564 8u https://doi.org/10.3389/fgene.2017.00001

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy