Sökning: WFRF:(Hvidsten Torgeir R.) >
The Plant Genome In...
The Plant Genome Integrative Explorer Resource : PlantGenIE.org
-
- Sundell, David (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Kemiska institutionen
-
- Mannapperuma, Chanaka (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik
-
- Netotea, Sergiu (författare)
- Umeå universitet,Kemiska institutionen
-
visa fler...
-
- Delhomme, Nicolas (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik
-
Lin, Yao-Cheng (författare)
-
- Sjödin, Andreas (författare)
- Umeå universitet,Kemiska institutionen
-
Van de Peer, Yves (författare)
-
- Jansson, Stefan (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik
-
- Hvidsten, Torgeir R. (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Department of Chemistry,Biotechnology and Food Science, Norwegi an University of Life Sciences, 1432As, Norw
-
- Street, Nathaniel R. (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Kemiska institutionen
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2015-07-20
- 2015
- Engelska.
-
Ingår i: New Phytologist. - : Wiley. - 0028-646X .- 1469-8137. ; 208:4, s. 1149-1156
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://umu.diva-por... (primary) (Raw object)
-
https://nph.onlineli...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Accessing and exploring large-scale genomics data sets remains a significant challenge to researchers without specialist bioinformatics training. We present the integrated PlantGenIE.org platform for exploration of Populus, conifer and Arabidopsis genomics data, which includes expression networks and associated visualization tools. Standard features of a model organism database are provided, including genome browsers, gene list annotation, BLAST homology searches and gene information pages. Community annotation updating is supported via integration of WebApollo. We have produced an RNA-sequencing (RNA-Seq) expression atlas for Populus tremula and have integrated these data within the expression tools. An updated version of the COMPLEX resource for performing comparative plant expression analyses of gene coexpression network conservation between species has also been integrated. The PlantGenIE.org platform provides intuitive access to large-scale and genome-wide genomics data from model forest tree species, facilitating both community contributions to annotation improvement and tools supporting use of the included data resources to inform biological insight.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Botanik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Botany (hsv//eng)
Nyckelord
- annotation
- coexpression
- conifer
- database
- genome browser
- Populus
- transcriptomics
- web source
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Sundell, David
-
Mannapperuma, Ch ...
-
Netotea, Sergiu
-
Delhomme, Nicola ...
-
Lin, Yao-Cheng
-
Sjödin, Andreas
-
visa fler...
-
Van de Peer, Yve ...
-
Jansson, Stefan
-
Hvidsten, Torgei ...
-
Street, Nathanie ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Botanik
- Artiklar i publikationen
-
New Phytologist
- Av lärosätet
-
Umeå universitet