A CRISPR Interference Screen of Essential Genes Reveals that Proteasome Regulation Dictates Acetic Acid Tolerance in Saccharomyces cerevisiae

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: AMNE:(TEKNIK OCH TEKNOLOGIER Industriell bioteknik Medicinsk bioteknik) > (2020-2024) > A CRISPR Interferen...

Mukherjee, Vaskar,1986Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology (författare)

A CRISPR Interference Screen of Essential Genes Reveals that Proteasome Regulation Dictates Acetic Acid Tolerance in Saccharomyces cerevisiae

Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2021
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:research.chalmers.se:6c7b8e9f-4305-4db8-b8ad-15c1515ea414
https://doi.org/10.1128/mSystems.00418-21DOI
https://research.chalmers.se/publication/525497URI
https://gup.ub.gu.se/publication/310836URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

CRISPR interference (CRISPRi) is a powerful tool to study cellular physiology under different growth conditions, and this technology provides a means for screening changed expression of essential genes. In this study, a Saccharomyces cerevisiae CRISPRi library was screened for growth in medium supplemented with acetic acid. Acetic acid is a growth inhibitor challenging the use of yeast for the industrial conversion of lignocellulosic biomasses. Tolerance to acetic acid that is released during biomass hydrolysis is crucial for cell factories to be used in biorefineries. The CRISPRi library screened consists of .9,000 strains, where .98% of all essential and respiratory growth-essential genes were targeted with multiple guide RNAs (gRNAs). The screen was performed using the high-throughput, high-resolution Scan-o-matic platform, where each strain is analyzed separately. Our study identified that CRISPRi targeting of genes involved in vesicle formation or organelle transport processes led to severe growth inhibition during acetic acid stress, emphasizing the importance of these intracellular membrane structures in maintaining cell vitality. In contrast, strains in which genes encoding subunits of the 19S regulatory particle of the 26S proteasome were downregulated had increased tolerance to acetic acid, which we hypothesize is due to ATP salvage through an increased abundance of the 20S core particle that performs ATP-independent protein degradation. This is the first study where high-resolution CRISPRi library screening paves the way to understanding and bioengineering the robustness of yeast against acetic acid stress.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Mikrobiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Microbiology hsv//eng
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinsk bioteknologi Medicinsk bioteknologi hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Medical Biotechnology Medical Biotechnology hsv//eng
TEKNIK OCH TEKNOLOGIER Industriell bioteknik Annan industriell bioteknik hsv//swe
ENGINEERING AND TECHNOLOGY Industrial Biotechnology Other Industrial Biotechnology hsv//eng
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Medicinsk genetik hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Medical Genetics hsv//eng
Phenomics
Proteasome
Transcriptional regulation
Oxidative stress
High-throughput screening
Essential genes
Yeast
Acetic acid tolerance
CRISPR interference
Acetic acid tolerance
CRISPR interference
Essential genes
High-throughput screening
Oxidative stress
Phenomics
Proteasome
Transcriptional regulation
Yeast

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Lind, UlrikaGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology(Swepub:gu)xlulrg (författare)
Onge, Robert P.S.Stanford University (författare)
Blomberg, Anders,1956Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology(Swepub:gu)xbloan (författare)
Nygård, Yvonne,1986Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)nygardy (författare)
Chalmers tekniska högskolaInstitutionen för kemi och molekylärbiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:mSystems6:42379-5077

Internetlänk

Hitta via bibliotek

mSystems (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Mukherjee, Vaska ...; Lind, Ulrika; Onge, Robert P.S ...; Blomberg, Anders ...; Nygård, Yvonne, ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Mikrobiologi

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinsk biotek ...; och Medicinsk biotek ...

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER: TEKNIK OCH TEKNO ...; och Industriell biot ...; och Annan industriel ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

Artiklar i publikationen: mSystems

Av lärosätet: Chalmers tekniska högskola; Göteborgs universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se