Sökning: L773:2055 026X OR L773:2055 0278 >
Spatially resolved ...
Spatially resolved transcriptome profiling in model plant species
-
- Giacomello, Stefania (författare)
- KTH,Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Stockholm University, Sweden,KTH Royal Inst Technol, Sch Biotechnol, Div Gene Technol, Sci Life Lab, S-17165 Solna, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, S-17165 Solna, Sweden.
-
- Salmén, Fredrik (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Terebieniec, Barbara K., 1983- (författare)
- Umeå universitet,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Institutionen för fysiologisk botanik,Umea Univ, Dept Plant Physiol, Umea Plant Sci Ctr, S-90736 Umea, Sweden.
-
visa fler...
-
- Vickovic, Sanja (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Fernandez Navarro, José (författare)
- Karolinska Inst, Dept Cell & Mol Biol, S-17165 Solna, Sweden.
-
- Alexeyenko, Andrey (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Reimegård, Johan (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- McKee, Lauren S. (författare)
- KTH,Glykovetenskap,KTH Royal Inst Technol, AlbaNova Univ Ctr, Sch Biotechnol, Div Glycosci, S-11421 Stockholm, Sweden.
-
- Mannapperuma, Chanaka (författare)
- Umeå universitet,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Institutionen för fysiologisk botanik,Umea Univ, Dept Plant Physiol, Umea Plant Sci Ctr, S-90736 Umea, Sweden.
-
- Bulone, Vincent (författare)
- KTH,Glykovetenskap,University of Adelaide, Australia,KTH Royal Inst Technol, AlbaNova Univ Ctr, Sch Biotechnol, Div Glycosci, S-11421 Stockholm, Sweden.;Univ Adelaide, ARC Ctr Excellence Plant & Cell Walls, Waite Campus, Adelaide, SA 5064, Australia.;Univ Adelaide, Sch Agr Food & Wine, Waite Campus, Adelaide, SA 5064, Australia.
-
- Ståhl, Patrik L. (författare)
- Karolinska Inst, Dept Cell & Mol Biol, S-17165 Solna, Sweden.
-
- Sundström, Jens (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtbiologi,Department of Plant Biology
-
- Street, Nathaniel, 1979- (författare)
- Umeå universitet,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Institutionen för fysiologisk botanik,Umea Univ, Dept Plant Physiol, Umea Plant Sci Ctr, S-90736 Umea, Sweden.
-
- Lundeberg, Joakim (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Sch Biotechnol, Div Gene Technol, Sci Life Lab, S-17165 Solna, Sweden.
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
-
- 2017-05-08
- 2017
- Engelska.
-
Ingår i: Nature Plants. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2055-026X .- 2055-0278. ; 3:6
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://urn.kb.se/re...
-
http://kipublication...
-
https://res.slu.se/i...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Understanding complex biological systems requires functional characterization of specialized tissue domains. However, existing strategies for generating and analysing high-throughput spatial expression profiles were developed for a limited range of organisms, primarily mammals. Here we present the first available approach to generate and study highresolution, spatially resolved functional profiles in a broad range of model plant systems. Our process includes highthroughput spatial transcriptome profiling followed by spatial gene and pathway analyses. We first demonstrate the feasibility of the technique by generating spatial transcriptome profiles from model angiosperms and gymnosperms microsections. In Arabidopsis thaliana we use the spatial data to identify differences in expression levels of 141 genes and 189 pathways in eight inflorescence tissue domains. Our combined approach of spatial transcriptomics and functional profiling offers a powerful new strategy that can be applied to a broad range of plant species, and is an approach that will be pivotal to answering fundamental questions in developmental and evolutionary biology.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Utvecklingsbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Developmental Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Bioinformatics
- Gene expression profiling
- Plant development
- RNA sequencing
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Giacomello, Stef ...
-
Salmén, Fredrik
-
Terebieniec, Bar ...
-
Vickovic, Sanja
-
Fernandez Navarr ...
-
Alexeyenko, Andr ...
-
visa fler...
-
Reimegård, Johan
-
McKee, Lauren S.
-
Mannapperuma, Ch ...
-
Bulone, Vincent
-
Ståhl, Patrik L.
-
Sundström, Jens
-
Street, Nathanie ...
-
Lundeberg, Joaki ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Utvecklingsbiolo ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Plants
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet
-
Umeå universitet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Uppsala universitet
-
Karolinska Institutet
-
Sveriges Lantbruksuniversitet