Sökning: WFRF:(Nyström Stina) >
ProViz :
ProViz : a tool for explorative 3-D visualization and template matching in electron tomograms
-
- Svensson, Lennart (författare)
- Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen för visuell information och interaktion
-
- Svensson, Stina (författare)
- RaySearch Labs, Stockholm, Sweden
-
- Nyström, Ingela, 1967- (författare)
- Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen för visuell information och interaktion
-
visa fler...
-
- Nysjö, Fredrik, 1985- (författare)
- Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Bildanalys och människa-datorinteraktion
-
- Laloeuf, Aurelie (författare)
- Karolinska Inst, Dept Cell & Mol Biol, Stockholm, Sweden
-
- den Hollander, Lianne (författare)
- Karolinska Inst, Dept Cell & Mol Biol, Stockholm, Sweden
-
- Brun, Anders, 1976- (författare)
- Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen för visuell information och interaktion
-
- Masich, Sergej (författare)
- Karolinska Inst, Dept Cell & Mol Biol, Stockholm, Sweden
-
- Sandblad, Linda (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten),Umea Univ, Dept Mol Biol, Umea, Sweden
-
- Sani, Musa (författare)
- Vironova AB, Stockholm, Sweden
-
- Sintorn, Ida-Maria (författare)
- Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen för visuell information och interaktion,Vironova AB, Stockholm, Sweden
-
- Nysjö, Johan, 1985- (författare)
- Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen för visuell information och interaktion
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2016-05-13
- 2017
- Engelska.
-
Ingår i: Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering: Imaging & Visualization. - : Taylor & Francis. - 2168-1163 .- 2168-1171. ; 5:6, s. 446-454
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Visual understanding is a key aspect when studying electron tomography data-sets, aside quantitative assessments such as registration of high-resolution structures. We here present the free software tool ProViz (Protein Visualization) for visualisation and template matching in electron tomograms of biological samples. The ProViz software contains methods and tools which we have developed, adapted and computationally optimised for easy and intuitive visualisation and analysis of electron tomograms with low signal-to-noise ratio. ProViz complements existing software in the application field and serves as an easy and convenient tool for a first assessment and screening of the tomograms. It provides enhancements in three areas: (1) improved visualisation that makes connections as well as intensity differences between and within objects or structures easier to see and interpret, (2) interactive transfer function editing with direct visual result feedback using both piecewise linear functions and Gaussian function elements, (3) computationally optimised template matching and tools to visually assess and interactively explore the correlation results. The visualisation capabilities and features of ProViz are demonstrated on various biological volume data-sets: bacterial filament structures in vitro, a desmosome and the transmembrane cadherin connections therein in situ, and liposomes filled with doxorubicin in solution. The explorative template matching is demonstrated on a synthetic IgG data-set.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
Nyckelord
- Electron tomography
- direct volume rendering
- image registration
- connected component filtering
- visualisation and analysis software
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Svensson, Lennar ...
-
Svensson, Stina
-
Nyström, Ingela, ...
-
Nysjö, Fredrik, ...
-
Laloeuf, Aurelie
-
den Hollander, L ...
-
visa fler...
-
Brun, Anders, 19 ...
-
Masich, Sergej
-
Sandblad, Linda
-
Sani, Musa
-
Sintorn, Ida-Mar ...
-
Nysjö, Johan, 19 ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
-
Computer Methods ...
- Av lärosätet
-
Umeå universitet
-
Uppsala universitet