Evolutionary networks from RADseq loci point to hybrid origins of Medicago carstiensis and Medicago cretacea

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: L773:0002 9122 OR L773:1537 2197 > (2015-2019) > Evolutionary networ...

Blanco-Pastor, José LuisGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences (författare)

Evolutionary networks from RADseq loci point to hybrid origins of Medicago carstiensis and Medicago cretacea

Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2019-09-19
Wiley,2019

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/284427
https://gup.ub.gu.se/publication/284427URI
https://doi.org/10.1002/ajb2.1352DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Premise Although hybridization has played an important role in the evolution of many plant species, phylogenetic reconstructions that include hybridizing lineages have been historically constrained by the available models and data. Restriction-site-associated DNA sequencing (RADseq) has been a popular sequencing technique for the reconstruction of hybridization in the next-generation sequencing era. However, the utility of RADseq for the reconstruction of complex evolutionary networks has not been thoroughly investigated. Conflicting phylogenetic relationships in the genus Medicago have been mainly attributed to hybridization, but the specific hybrid origins of taxa have not been yet clarified. Methods We obtained new molecular data from diploid species of Medicago section Medicago using single-digest RADseq to reconstruct evolutionary networks from gene trees, an approach that is computationally tractable with data sets that include several species and complex hybridization patterns. Results Our analyses revealed that assembly filters to exclusively select a small set of loci with high phylogenetic information led to the most-divergent network topologies. Conversely, alternative clustering thresholds or filters on the number of samples per locus had a lower impact on networks. A strong hybridization signal was detected for M. carstiensis and M. cretacea, while signals were less clear for M. rugosa, M. rhodopea, M. suffruticosa, M. marina, M. scutellata, and M. sativa. Conclusions Complex network reconstructions from RADseq gene trees were not robust under variations of the assembly parameters and filters. But when the most-divergent networks were discarded, all remaining analyses consistently supported a hybrid origin for M. carstiensis and M. cretacea.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Botanik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Botany hsv//eng
alfalfa
assembly
Fabaceae
GBS
gene trees
hybridization
Medicago
multidimensional scaling
bayesian-inference
sequence capture
hybridization
introgression
phylogeny
model
demography
thousands
history
taxa
Plant Sciences

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Bertrand, YannGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xberya (författare)
Liberal, I. M. (författare)
Wei, Y. L. (författare)
Brummer, E. C. (författare)
Pfeil, Bernard E.,1975Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xpfebe (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för biologi och miljövetenskap (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:American Journal of Botany: Wiley106:9, s. 1219-12280002-91221537-2197

Internetlänk

Hitta via bibliotek

American Journal of Botany (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Blanco-Pastor, J ...; Bertrand, Yann; Liberal, I. M.; Wei, Y. L.; Brummer, E. C.; Pfeil, Bernard E ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Botanik

Artiklar i publikationen: American Journal ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se