A molecular-based identification resource for the arthropods of Finland

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Hirvonen Ari) > A molecular-based i...

Roslin, TomasSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för ekologi,Department of Ecology,University of Helsinki (författare)

A molecular-based identification resource for the arthropods of Finland

Artikel/kapitelEngelska2022

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2021-11-03
Wiley,2022
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-200705
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-200705URI
https://doi.org/10.1111/1755-0998.13510DOI
https://res.slu.se/id/publ/114971URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

To associate specimens identified by molecular characters to other biological knowledge, we need reference sequences annotated by Linnaean taxonomy. In this study, we (1) report the creation of a comprehensive reference library of DNA barcodes for the arthropods of an entire country (Finland), (2) publish this library, and (3) deliver a new identification tool for insects and spiders, as based on this resource. The reference library contains mtDNA COI barcodes for 11,275 (43%) of 26,437 arthropod species known from Finland, including 10,811 (45%) of 23,956 insect species. To quantify the improvement in identification accuracy enabled by the current reference library, we ran 1000 Finnish insect and spider species through the Barcode of Life Data system (BOLD) identification engine. Of these, 91% were correctly assigned to a unique species when compared to the new reference library alone, 85% were correctly identified when compared to BOLD with the new material included, and 75% with the new material excluded. To capitalize on this resource, we used the new reference material to train a probabilistic taxonomic assignment tool, FinPROTAX, scoring high success. For the full-length barcode region, the accuracy of taxonomic assignments at the level of classes, orders, families, subfamilies, tribes, genera, and species reached 99.9%, 99.9%, 99.8%, 99.7%, 99.4%, 96.8%, and 88.5%, respectively. The FinBOL arthropod reference library and FinPROTAX are available through the Finnish Biodiversity Information Facility (www.laji.fi) at https://laji.fi/en/theme/protax. Overall, the FinBOL investment represents a massive capacity-transfer from the taxonomic community of Finland to all sectors of society.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Biologisk systematik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biological Systematics hsv//eng
COI
DNA barcodes
probabilistic taxonomic assignment
PROTAX
reference library
species identification

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Somervuo, Panu (författare)
Pentinsaari, Mikko (författare)
Hebert, Paul D. N. (författare)
Agda, Jireh (författare)
Ahlroth, Petri (författare)
Anttonen, Perttu (författare)
Aspi, Jouni (författare)
Blagoev, Gergin (författare)
Blanco, Santiago (författare)
Chan, Dean (författare)
Clayhills, Tom (författare)
deWaard, Jeremy (författare)
deWaard, Stephanie (författare)
Elliot, Tyler (författare)
Elo, Riikka (författare)
Haapala, Sami (författare)
Helve, Eero (författare)
Ilmonen, Jari (författare)
Hirvonen, Petri (författare)
Ho, Chris (författare)
Itämies, Juhani (författare)
Ivanov, Vladislav (författare)
Jakovlev, Jevgeni (författare)
Juslén, Aino (författare)
Jussila, Reijo (författare)
Kahanpää, Jere (författare)
Kaila, Lauri (författare)
Kaitila, Jari-Pekka (författare)
Kakko, Ari (författare)
Kakko, Iiro (författare)
Karhu, Ali (författare)
Karjalainen, Sami (författare)
Kjaerandsen, Jostein (författare)
Koskinen, Janne (författare)
Laasonen, Erkki M. (författare)
Laasonen, Leena (författare)
Laine, Erkka (författare)
Lampila, Petri (författare)
Levesque-Beaudin, Valerie (författare)
Lu, Liuqiong (författare)
Lähteenaro, MeriStockholms universitet,Avdelningen för zoologisk systematik och evolutionsforskning,Swedish Museum of Natural History, Sweden(Swepub:su)mela0371 (författare)
Majuri, Pekka (författare)
Malmberg, Sampsa (författare)
Manjunath, Ramya (författare)
Martikainen, Petri (författare)
Mattila, Jaakko (författare)
McKeown, Jaclyn (författare)
Metsälä, Petri (författare)
Miklasevskaja, Margarita (författare)
Miller, Meredith (författare)
Miskie, Renee (författare)
Muinonen, Arto (författare)
Mukkala, Veli-Matti (författare)
Naik, Suresh (författare)
Nikolova, Nadia (författare)
Nupponen, Kari (författare)
Ovaskainen, Otso (författare)
Österblad, Ika (författare)
Paasivirta, Lauri (författare)
Pajunen, Timo (författare)
Parkko, Petri (författare)
Paukkunen, Juho (författare)
Penttinen, Ritva (författare)
Perez, Kate (författare)
Pohjoismäki, Jaakko (författare)
Prosser, Sean (författare)
Raekunnas, Martti (författare)
Rahulan, Miduna (författare)
Rannisto, Meeri (författare)
Ratnasingham, Sujeevan (författare)
Raukko, Pekka (författare)
Rinne, Aki (författare)
Rintala, Teemu (författare)
Miranda Romo, Susana (författare)
Salmela, Jukka (författare)
Salokannel, Juha (författare)
Savolainen, Riitta (författare)
Schulman, Leif (författare)
Sihvonen, Pasi (författare)
Soliman, Dina (författare)
Sones, Jayme (författare)
Steinke, Claudia (författare)
Ståhls, Gunilla (författare)
Tabell, Jukka (författare)
Tiusanen, Mikko (författare)
Várkonyi, Gergely (författare)
Vesterinen, Eero J.Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för ekologi,Department of Ecology,University of Turku (författare)
Viitanen, Esko (författare)
Vikberg, Veli (författare)
Viitasaari, Matti (författare)
Vilen, Jussi (författare)
Warne, Connor (författare)
Wei, Catherine (författare)
Winqvist, Kaj (författare)
Zakharov, Evgeny (författare)
Mutanen, Marko (författare)
Sveriges lantbruksuniversitetInstitutionen för ekologi (creator_code:org_t)
Sveriges lantbruksuniversitet

Sammanhörande titlar

Ingår i:Molecular Ecology Resources: Wiley22:2, s. 803-8221755-098X1755-0998

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Molecular Ecology Resources (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Roslin, Tomas; Somervuo, Panu; Pentinsaari, Mik ...; Hebert, Paul D. ...; Agda, Jireh; Ahlroth, Petri; visa fler...; Anttonen, Perttu; Aspi, Jouni; Blagoev, Gergin; Blanco, Santiago; Chan, Dean; Clayhills, Tom; deWaard, Jeremy; deWaard, Stephan ...; Elliot, Tyler; Elo, Riikka; Haapala, Sami; Helve, Eero; Ilmonen, Jari; Hirvonen, Petri; Ho, Chris; Itämies, Juhani; Ivanov, Vladisla ...; Jakovlev, Jevgen ...; Juslén, Aino; Jussila, Reijo; Kahanpää, Jere; Kaila, Lauri; Kaitila, Jari-Pe ...; Kakko, Ari; Kakko, Iiro; Karhu, Ali; Karjalainen, Sam ...; Kjaerandsen, Jos ...; Koskinen, Janne; Laasonen, Erkki ...; Laasonen, Leena; Laine, Erkka; Lampila, Petri; Levesque-Beaudin ...; Lu, Liuqiong; Lähteenaro, Meri; Majuri, Pekka; Malmberg, Sampsa; Manjunath, Ramya; Martikainen, Pet ...; Mattila, Jaakko; McKeown, Jaclyn; Metsälä, Petri; Miklasevskaja, M ...; Miller, Meredith; Miskie, Renee; Muinonen, Arto; Mukkala, Veli-Ma ...; Naik, Suresh; Nikolova, Nadia; Nupponen, Kari; Ovaskainen, Otso; Österblad, Ika; Paasivirta, Laur ...; Pajunen, Timo; Parkko, Petri; Paukkunen, Juho; Penttinen, Ritva; Perez, Kate; Pohjoismäki, Jaa ...; Prosser, Sean; Raekunnas, Martt ...; Rahulan, Miduna; Rannisto, Meeri; Ratnasingham, Su ...; Raukko, Pekka; Rinne, Aki; Rintala, Teemu; Miranda Romo, Su ...; Salmela, Jukka; Salokannel, Juha; Savolainen, Riit ...; Schulman, Leif; Sihvonen, Pasi; Soliman, Dina; Sones, Jayme; Steinke, Claudia; Ståhls, Gunilla; Tabell, Jukka; Tiusanen, Mikko; Várkonyi, Gergel ...; Vesterinen, Eero ...; Viitanen, Esko; Vikberg, Veli; Viitasaari, Matt ...; Vilen, Jussi; Warne, Connor; Wei, Catherine; Winqvist, Kaj; Zakharov, Evgeny; Mutanen, Marko; visa färre...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biologisk system ...

Artiklar i publikationen: Molecular Ecolog ...

Av lärosätet: Stockholms universitet; Sveriges Lantbruksuniversitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se