SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Van Hul Noémi)
 

Sökning: WFRF:(Van Hul Noémi) > Spatial Transcripto...

  • Hildebrandt, Franziska,1994-Stockholms universitet,Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut (författare)

Spatial Transcriptomics to define transcriptional patterns of zonation and structural components in the mouse liver

  • Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2021-12-02
  • Springer Nature,2021
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-306588
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-306588URI
  • https://doi.org/10.1038/s41467-021-27354-wDOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:148289113URI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-462093URI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-219245URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • QC 20211220
  • Reconstruction of heterogeneity through single cell transcriptional profiling has greatly advanced our understanding of the spatial liver transcriptome in recent years. However, global transcriptional differences across lobular units remain elusive in physical space. Here, we apply Spatial Transcriptomics to perform transcriptomic analysis across sectioned liver tissue. We confirm that the heterogeneity in this complex tissue is predominantly determined by lobular zonation. By introducing novel computational approaches, we enable transcriptional gradient measurements between tissue structures, including several lobules in a variety of orientations. Further, our data suggests the presence of previously transcriptionally uncharacterized structures within liver tissue, contributing to the overall spatial heterogeneity of the organ. This study demonstrates how comprehensive spatial transcriptomic technologies can be used to delineate extensive spatial gene expression patterns in the liver, indicating its future impact for studies of liver function, development and regeneration as well as its potential in pre-clinical and clinical pathology. Global transcriptional differences across lobular units in the liver remain unknown. Here the authors perform spatial transcriptomics of liver tissue to delineate transcriptional differences in physical space, confirm lobular zonation along transcriptional gradients and suggest the presence of previously uncharacterized structures within liver tissue.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Andersson, AlmaKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Dept Gene Technol, Sci Life Lab, Tomtebodavagen 23a, SE-17165 Solna, Sweden.(Swepub:kth)u15avt37 (författare)
  • Saarenpää, SamiKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Dept Gene Technol, Sci Life Lab, Tomtebodavagen 23a, SE-17165 Solna, Sweden.(Swepub:kth)u1oqrhrt (författare)
  • Larsson, LudvigKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Dept Gene Technol, Sci Life Lab, Tomtebodavagen 23a, SE-17165 Solna, Sweden.(Swepub:kth)u13lw4hm (författare)
  • Van Hul, NoemiKarolinska Institutet,Karolinska Inst Stockholm, Dept Cell & Mol Biol, SE-17177 Solna, Sweden. (författare)
  • Kanatani, Sachie,1982-Stockholms universitet,Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut(Swepub:su)skana (författare)
  • Masek, JanKarolinska Institutet,Karolinska Inst Stockholm, Dept Cell & Mol Biol, SE-17177 Solna, Sweden.;Charles Univ Prague, Dept Cell Biol, Fac Sci, Vinicna 7, Prague 12800 2, Czech Republic. (författare)
  • Ellis, EwaKarolinska Institutet,Karolinska Inst, Dept Clin Sci Intervent & Technol CLINTEC, S-14186 Stockholm, Sweden. (författare)
  • Barragan, Antonio,1968-Stockholms universitet,Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut(Swepub:su)abarr (författare)
  • Mollbrink, AnnelieKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi,KTH Royal Inst Technol, Dept Gene Technol, Sci Life Lab, Tomtebodavagen 23a, SE-17165 Solna, Sweden.(Swepub:kth)u18ttoxc (författare)
  • Andersson, Emma R.Karolinska Inst Stockholm, Dept Cell & Mol Biol, SE-17177 Solna, Sweden. (författare)
  • Lundeberg, JoakimKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi,KTH Royal Inst Technol, Dept Gene Technol, Sci Life Lab, Tomtebodavagen 23a, SE-17165 Solna, Sweden.(Swepub:kth)u1qkn9kw (författare)
  • Ankarklev, Johan,1980-Stockholms universitet,Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Stockholm Univ, Wenner Gren Inst, Dept Mol Biosci, Svante Arrhenius Vag 20C, SE-10691 Stockholm, Sweden.,Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut(Swepub:su)joan1923 (författare)
  • Stockholms universitetInstitutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nature Communications: Springer Nature12:12041-1723

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy