The single-cell transcriptional landscape of innate and adaptive lymphocytes in pediatric-onset colitis

Innate lymphoid cells (ILCs) are considered innate counterparts of adaptive T cells; however, their common and unique transcriptional signatures in pediatric inflammatory bowel disease (pIBD) are largely unknown. Here, we report a dysregulated colonic ILC composition in pIBD colitis that correlates with inflammatory ac-tivity, including accumulation of naive-like CD45RA+CD62L- ILCs. Weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) reveals modules of genes that are shared or unique across innate and adaptive lympho-cytes. Shared modules include genes associated with activation/tissue residency, naivety/quiescence, and antigen presentation. Lastly, nearest-neighbor-based analysis facilitates the identification of most in-flamedand least inflamedlymphocytes in pIBD colon with unique transcriptional signatures. Our study reveals shared and unique transcriptional signatures of colonic ILCs and T cells in pIBD. We also provide insight into the transcriptional regulation of colonic inflammation, deepening our understanding of the poten-tial mechanisms involved in pIBD.

Soini, TeaKarolinska Institutet (författare)
Pandey, Ram Vinay (författare)
van Acker, Aline (författare)
Theorell, JakobKarolinska Institutet (författare)
Czarnewski, Paulo,1991-Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)pacz1456 (författare)
Kvedaraite, EgleKarolinska Institutet (författare)
Vandamme, Niels (författare)
Lourda, MagdaKarolinska Institutet (författare)
Sorini, ChiaraKarolinska Institutet (författare)
Weigel, Whitney (författare)
Carrasco, AnnaKarolinska Institutet (författare)
Tibbitt, Christopher Andrew (författare)
Schlums, HeinrichKarolinska Institutet (författare)
Lindforss, UlrikKarolinska Institutet (författare)
Nordenvall, CarolineKarolinska Institutet (författare)
Ljunggren, MalinKarolinska Institutet (författare)
Idestrom, Maja (författare)
Svensson, MattiasKarolinska Institutet (författare)
Henter, Jan-IngeKarolinska Institutet (författare)
Villablanca, Eduardo J.Karolinska Institutet (författare)
Bryceson, Yenan T.Karolinska Institutet (författare)
Rolandsdotter, HelenaKarolinska Institutet (författare)
Mjosberg, JennyKarolinska Institutet (författare)
Karolinska InstitutetInstitutionen för biokemi och biofysik (creator_code:org_t)

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Immunologi inom ...

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.