SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Stake Jan 1971)
 

Sökning: WFRF:(Stake Jan 1971) > Clustering of atomi...

  • Ahlberg Gagnér, Viktor,1989Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology,University of Gothenburg, Sweden (författare)

Clustering of atomic displacement parameters in bovine trypsin reveals a distributed lattice of atoms with shared chemical properties

  • Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2019-12-17
  • Springer Science and Business Media LLC,2019
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:research.chalmers.se:4241e939-baff-4e64-a49e-90cd18622ab7
  • https://doi.org/10.1038/s41598-019-55777-5DOI
  • https://research.chalmers.se/publication/514343URI
  • https://research.chalmers.se/publication/514606URI
  • https://gup.ub.gu.se/publication/288711URI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:lnu:diva-90918URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype
  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

  • Low-frequency vibrations are crucial for protein structure and function, but only a few experimental techniques can shine light on them. The main challenge when addressing protein dynamics in the terahertz domain is the ubiquitous water that exhibit strong absorption. In this paper, we observe the protein atoms directly using X-ray crystallography in bovine trypsin at 100 K while irradiating the crystals with 0.5 THz radiation alternating on and off states. We observed that the anisotropy of atomic displacements increased upon terahertz irradiation. Atomic displacement similarities developed between chemically related atoms and between atoms of the catalytic machinery. This pattern likely arises from delocalized polar vibrational modes rather than delocalized elastic deformations or rigid-body displacements. The displacement correlation between these atoms were detected by a hierarchical clustering method, which can assist the analysis of other ultra-high resolution crystal structures. These experimental and analytical tools provide a detailed description of protein dynamics to complement the structural information from static diffraction experiments. © 2019, The Author(s).

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Lundholm, Ida,1986Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology,University of Gothenburg, Sweden(Swepub:gu)xlunid (författare)
  • Garcia-Bonete, Maria-Jose,1989Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology,University of Gothenburg, Sweden(Swepub:gu)xbonem (författare)
  • Rodilla, Helena,1982Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,Chalmers University of Technology, Sweden(Swepub:cth)rodilla (författare)
  • Friedman, RanLinnéuniversitetet,Institutionen för kemi och biomedicin (KOB),Avancerade material,Linnaeus Ctr Biomat Chem, BMC;CCBG(Swepub:lnu)rafraa (författare)
  • Zhaunerchyk, Vitali,1981Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för fysik (GU),Department of Physics (GU),University of Gothenburg, Sweden(Swepub:gu)xzhavi (författare)
  • Bourenkov, GlebEuropean Molecular Biology Laboratory,DESY, Germany (författare)
  • Schneider, ThomasEuropean Molecular Biology Laboratory,DESY, Germany (författare)
  • Stake, Jan,1971Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,Chalmers University of Technology, Sweden(Swepub:cth)stake (författare)
  • Katona, Gergely,1975Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology,University of Gothenburg, Sweden(Swepub:gu)xkatge (författare)
  • Göteborgs universitetInstitutionen för kemi och molekylärbiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Scientific Reports: Springer Science and Business Media LLC9:12045-23222045-2322

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy