Robustness and fragility in the yeast high osmolarity glycerol (HOG) signal-transduction pathway.

Krantz, Marcus,1975Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Department of Cell and Molecular Biology,University of Gothenburg (författare)

Cellular signalling networks integrate environmental stimuli with the information on cellular status. These networks must be robust against stochastic fluctuations in stimuli as well as in the amounts of signalling components. Here, we challenge the yeast HOG signal-transduction pathway with systematic perturbations in components' expression levels under various external conditions in search for nodes of fragility. We observe a substantially higher frequency of fragile nodes in this signal-transduction pathway than that has been observed for other cellular processes. These fragilities disperse without any clear pattern over biochemical functions or location in pathway topology and they are largely independent of pathway activation by external stimuli. However, the strongest toxicities are caused by pathway hyperactivation. In silico analysis highlights the impact of model structure on in silico robustness, and suggests complex formation and scaffolding as important contributors to the observed fragility patterns. Thus, in vivo robustness data can be used to discriminate and improve mathematical models.

NATURVETENSKAP Biologi Cellbiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Cell Biology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Biokemi och molekylärbiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biochemistry and Molecular Biology hsv//eng
Cluster Analysis
Computer Simulation
Mitogen-Activated Protein Kinases
metabolism
physiology
Models
Biological
Osmolar Concentration
Saccharomyces cerevisiae
metabolism
physiology
Saccharomyces cerevisiae Proteins
metabolism
physiology
Signal Transduction
Stress
Physiological
Physiological

Ahmadpour, Doryaneh,1973Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Department of Cell and Molecular Biology,University of Gothenburg(Swepub:gu)xahmdo (författare)
Ottosson, Lars-GöranGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Department of Cell and Molecular Biology,University of Gothenburg(Swepub:gu)xottla (författare)
Warringer, Jonas,1973Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Department of Cell and Molecular Biology,University of Gothenburg(Swepub:gu)xwarrj (författare)
Waltermann, Christian (författare)
Nordlander, Bodil,1976Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Department of Cell and Molecular Biology,University of Gothenburg(Swepub:gu)xnobod (författare)
Klipp, Edda (författare)
Blomberg, Anders,1956Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Department of Cell and Molecular Biology,University of Gothenburg(Swepub:gu)xbloan (författare)
Hohmann, Stefan,1956Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Department of Cell and Molecular Biology,University of Gothenburg(Swepub:cth)hohmann (författare)
Kitano, Hiroaki (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för cell- och molekylärbiologi (creator_code:org_t)

Av författaren/redakt...: Krantz, Marcus, ...; Ahmadpour, Dorya ...; Ottosson, Lars-G ...; Warringer, Jonas ...; Waltermann, Chri ...; Nordlander, Bodi ...; visa fler...; Klipp, Edda; Blomberg, Anders ...; Hohmann, Stefan, ...; Kitano, Hiroaki; visa färre...

Om ämnet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.