In silico protein design for the enhancement of protein stability and function

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Search: WFRF:(Syrén Per Olof) > In silico protein d...

In silico protein design for the enhancement of protein stability and function

Hueting, David A., 1993- (author): KTH,Ytbehandlingsteknik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab

Syrén, Per-Olof, Universitetslektor (thesis advisor): KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Ytbehandlingsteknik,Wallenberg Wood Science Center,Proteinvetenskap

Brismar, Hjalmar, Professor (thesis advisor): KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Biofysik

Prokop, Zbynek, Professor (opponent): Masaryk University, Tjeckien

show less...

(creator_code:org_t)

ISBN 9789180406994
Stockholm : KTH Royal Institute of Technology, 2023
English 90 s.
Series: TRITA-CBH-FOU ; 2023:42

Related links:: https://kth.diva-por...; show more...; https://urn.kb.se/re...; show less...

Doctoral thesis (other academic/artistic)

Abstract Subject headings

Enzymes are natures catalysts that increase the rate of a chemical reaction. The increased rate of a reaction is required to be able to sustain life. Despite the huge impact of enzymes, they are not perfect catalysts. Enzyme and protein engineering is the discipline in which proteins are characterized and engineered to have improved inherent properties. Interesting properties of an enzyme to improve include stability and activity. The aim of this work is to understand how proteins and enzymes function and use a variety of different protein engineering techniques to enhance the properties of different proteins. In this work proteins and enzymes are engineered to increase our knowledge of the target proteins for downstream biomedical applications. A mix between rational and semi-rational engineering is applied in this work. In paper I and paper II, the method used is ancestral sequence reconstruction. A method that utilizes the evolutionary relationship between homologous sequences. In paper I the method was applied to a terpene cyclase, which cyclizes a precursor terpene into potential interesting drug leads. The result was a hyperstable enzyme variant. In paper II the technique was applied to the SARS-CoV-2 Spike protein. The protein is responsible for the virus SARS-CoV-2 to enter human cells. The work yielded a stable spike protein that readily expresses and can be utilized as a vaccine lead. In paper III, the aim was to understand human oxidosqualene cyclase (hOSC). A terpene cyclase essential in cholesterol synthesis. The enzyme hOSC was rationally engineered to change the driving force of the reaction. Through targeted mutations the reaction changed from entropy driven to enthalpy driven. Finally, in paper IV, a rationally engineered PETase, which is capable of degrading PET polymers into monomers, was proven to be active in human serum and verifies the proof-of-concept of degrading plastic in human blood. To summarize, the results in this thesis show the applicability of different enzyme engineering techniques to stabilize or change the function of proteins and the potential of engineered proteins in medical applications.

Enzymer är naturens katalysatorer vilka höjer hastigheten av kemiska reaktioner. En ökad hastighet av en reaktion är nödvändig för att upprätthålla liv. Trots enzymers och proteiners stora påverkan på reaktionshastigheter så är de inte perfekta katalysatorer. Enzym- och proteindesign är en vetenskap där enzymer och proteiner karaktäriseras och designas för att förbättra vissa egenskaper hos dem. Egenskaper hos enzymer så som stabilitet och aktivitet är intressanta att förbättra. Syftet med det här arbetet är att förstå hur proteiner och enzymer fungerar, samt deras egenskaper för olika applikationer i ett senare skede, exempelvis inom biomedicin. En blandning av rationell och semi-rationell enzym- och proteindesign används i det här arbetet. I artikel I och II används metoden ancestral sekvensrekonstruering. Metoden nyttjar de evolutionära sambanden mellan homologa sekvenser. I artikel I användes metoden på ett terpencyklas, ett enzym som skapar ringstrukturer hos en terpenföregångare, vilket resulterar i molekyler som kan vara intressanta för användning i läkemedel. Resultatet blev en hyperstabil enzymvariant. I artikel II användes metoden på SARS-CoV-2 Spike protein. Proteinet är ansvarigt för att viruset SARS-CoV-2 kan ta sig in i mänskliga celler. Arbetet resulterade i ett stabilt spike protein som lätt uttrycks med potentiell användning i vaccintillverkning. I artikel III var syftet att förstå humant oxidoskvalencyklas (hOSC). hOSC är ett terpencyklas som är nödvändig i syntesen av kolesterol. Enzymet designades för att ändra den drivande kraften hos reaktionen. Genom riktade mutationer ändrades reaktionen från att vara entropidriven till att vara entalpidriven. Slutligen, i artikel IV visades hur ett designat PETase, som bryter ned PET polymerer till monomerer, är aktivt i mänskligt serum och bekräftar att nedbrytning av plast i mänskligt blod är möjligt. Sammanfattningsvis, resultaten i den här avhandlingen visar hur olika enzymdesignstekniker kan appliceras för att stabilisera eller ändra funktioner hos proteiner och potentialen av designade enzymer i medicinska applikationer.

Subject headings

NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Biologi -- Strukturbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Structural Biology (hsv//eng)

Keyword

Protein Engineering
Ancestral sequence reconstruction
terpene cyclases
SARS-CoV-2
Spike protein
PET
PETase
rational engineering
Proteinteknik
Förfäders sekvensrekonstruktion
Terpencyklas
SARS-CoV-2
Spike protein
PET
PETas
rationell proteinteknik
Kemi
Chemistry

Publication and Content Type

vet (subject category)
dok (subject category)

Find in a library

In silico protein design for the enhancement of protein stability and function (Search the publication in LIBRIS)

To the university's database

Find more in SwePub

By the author/editor: Hueting, David A ...; Syrén, Per-Olof, ...; Brismar, Hjalmar ...; Prokop, Zbynek, ...

About the subject

NATURAL SCIENCES: NATURAL SCIENCES; and Biological Scien ...; and Biochemistry and ...

NATURAL SCIENCES: NATURAL SCIENCES; and Biological Scien ...; and Structural Biolo ...

Parts in the series: TRITA-CBH-FOU ;

By the university: Royal Institute of Technology

Search outside SwePub

Extend your search to:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se