SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Sussman Joel L.)
 

Sökning: WFRF:(Sussman Joel L.) > IceBear :

  • Daniel, Ed (författare)

IceBear : an intuitive and versatile web application for research-data tracking from crystallization experiment to PDB deposition

  • Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2021-01-26
  • International Union of Crystallography (IUCr),2021
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-455593
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-455593URI
  • https://doi.org/10.1107/s2059798320015223DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • The web-based IceBear software is a versatile tool to monitor the results of crystallization experiments and is designed to facilitate supervisor and student communications. It also records and tracks all relevant information from crystallization setup to PDB deposition in protein crystallography projects. Fully automated data collection is now possible at several synchrotrons, which means that the number of samples tested at the synchrotron is currently increasing rapidly. Therefore, the protein crystallography research communities at the University of Oulu, Weizmann Institute of Science and Diamond Light Source have joined forces to automate the uploading of sample metadata to the synchrotron. In IceBear, each crystal selected for data collection is given a unique sample name and a crystal page is generated. Subsequently, the metadata required for data collection are uploaded directly to the ISPyB synchrotron database by a shipment module, and for each sample a link to the relevant ISPyB page is stored. IceBear allows notes to be made for each sample during cryocooling treatment and during data collection, as well as in later steps of the structure determination. Protocols are also available to aid the recycling of pins, pucks and dewars when the dewar returns from the synchrotron. The IceBear database is organized around projects, and project members can easily access the crystallization and diffraction metadata for each sample, as well as any additional information that has been provided via the notes. The crystal page for each sample connects the crystallization, diffraction and structural information by providing links to the IceBear drop-viewer page and to the ISPyB data-collection page, as well as to the structure deposited in the Protein Data Bank.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Maksimainen, Mirko M. (författare)
  • Smith, Neil (författare)
  • Ratas, Ville (författare)
  • Biterova, Ekaterina (författare)
  • Murthy, Sudarshan N. (författare)
  • Rahman, M. Tanvir (författare)
  • Kiema, Tiila-Riikka (författare)
  • Sridhar, Shruthi (författare)
  • Cordara, Gabriele (författare)
  • Dalwani, Subhadra (författare)
  • Venkatesan, Rajaram (författare)
  • Prilusky, Jaime (författare)
  • Dym, Orly (författare)
  • Lehtiö, Lari (författare)
  • Koski, M. Kristian (författare)
  • Ashton, Alun W. (författare)
  • Sussman, Joel L. (författare)
  • Wierenga, Rik K. (författare)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Acta Crystallographica Section D: International Union of Crystallography (IUCr)77:2, s. 151-1632059-7983

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy