Sökning: WFRF:(Stephan Pierre) >
An open source chim...
An open source chimera checker for the fungal ITS region
-
- Nilsson, R. Henrik, 1976 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,University of Gothenburg
-
Abarenkov, Kessy (författare)
-
Veldre, Vilmar (författare)
-
visa fler...
-
- Nylinder, Stephan, 1975 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,University of Gothenburg
-
- De Wit, Pierre, 1978 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Zoologiska institutionen,Department of Zoology,University of Gothenburg
-
- Brosché, Sara, 1978 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,University of Gothenburg
-
Alfredsson, Johan F., 1976 (författare)
-
- Ryberg, Martin, 1976 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences
-
- Kristiansson, Erik, 1978 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi,Zoologiska institutionen,Institute of Neuroscience and Physiology,Department of Zoology,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,Zoologiska institutionen, zoofysiologi,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Zoology, Zoophysiology,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2010-03-14
- 2010
- Engelska.
-
Ingår i: Molecular Ecology Resources. - : Wiley. - 1755-0998 .- 1755-098X. ; 10:6, s. 1076-1081
- Relaterad länk:
-
https://gup.ub.gu.se... (primary) (free)
-
visa fler...
-
https://research.cha...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://research.cha...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The internal transcribed spacer (ITS) region of the nuclear ribosomal repeat unit holds a central position in the pursuit of the taxonomic affiliation of fungi recovered through environmental sampling. Newly generated fungal ITS sequences are typically compared against the International Nucleotide Sequence Databases for a species or genus name using the sequence similarity software suite blast. Such searches are not without complications however, and one of them is the presence of chimeric entries among the query or reference sequences. Chimeras are artificial sequences, generated unintentionally during the polymerase chain reaction step, that feature sequence data from two (or possibly more) distinct species. Available software solutions for chimera control do not readily target the fungal ITS region, but the present study introduces a blast-based open source software package (available at http://www.emerencia.org/chimerachecker.html) to examine newly generated fungal ITS sequences for the presence of potentially chimeric elements in batch mode. We used the software package on a random set of 12 300 environmental fungal ITS sequences in the public sequence databases and found 1.5% of the entries to be chimeric at the ordinal level after manual verification of the results. The proportion of chimeras in the sequence databases can be hypothesized to increase as emerging sequencing technologies drawing from pooled DNA samples are becoming important tools in molecular ecology research.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biologisk systematik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biological Systematics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Ekologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Ecology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- fungi
- chimeric sequences
- environmental sampling
- internal transcribed spacer
- chimeric sequences; environmental sampling; fungi; internal transcribed spacer
- Chimera checker
- ITS
- sequence analysis
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Nilsson, R. Henr ...
-
Abarenkov, Kessy
-
Veldre, Vilmar
-
Nylinder, Stepha ...
-
De Wit, Pierre, ...
-
Brosché, Sara, 1 ...
-
visa fler...
-
Alfredsson, Joha ...
-
Ryberg, Martin, ...
-
Kristiansson, Er ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biologisk system ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Ekologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
-
Molecular Ecolog ...
- 9th Internationa ...
- Av lärosätet
-
Chalmers tekniska högskola
-
Göteborgs universitet