AMNE:(NATURAL SCIENCES) AMNE:(Biological Sciences) AMNE:(Genetics)
Sökning: AMNE:(NATURAL SCIENCES) AMNE:(Biological Sciences) AMNE:(Genetics) > (2010-2019) > Critical Issues in ...
- 7 av 2604
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Halwachs, Bettina (författare)
Critical Issues in mycobiota analysis
- Artikel/kapitelEngelska2017
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2017-02-14
- Frontiers Media SA,2017
- electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/250506
- https://gup.ub.gu.se/publication/250506URI
- https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00180DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- Fungi constitute an important part of the human microbiota and they play a significant role for health and disease development. Advancements made in the culture-independent analysis of microbial communities have broadened our understanding of the mycobiota, however, microbiota analysis tools have been mainly developed for bacteria (e.g., targeting the 16S rRNA gene) and they often fall short if applied to fungal marker-gene based investigations (i.e., internal transcribed spacers, ITS). In the current paper we discuss all major steps of a fungal amplicon analysis starting with DNA extraction from specimens up to bioinformatics analyses of next-generation sequencing data. Specific points are discussed at each step and special emphasis is placed on the bioinformatics challenges emerging during operational taxonomic unit (OTU) picking, a critical step in mycobiota analysis. By using an in silico ITS1 mock community we demonstrate that standard analysis pipelines fall short if used with default settings showing erroneous fungal community representations. We highlight that switching OTU picking to a closed reference approach greatly enhances performance. Finally, recommendations are given on how to perform ITS based mycobiota analysis with the currently available measures.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Biologi Biologisk systematik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biological Systematics hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Mikrobiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Microbiology hsv//eng
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Mikrobiologi inom det medicinska området hsv//swe
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Microbiology in the medical area hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Botanik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Botany hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin Infektionsmedicin hsv//swe
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine Infectious Medicine hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Ekologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Ecology hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
- microbiota
- mycobiota
- internal transcribed spacer (ITS)
- 16S rRNA gene
- multiple sequence alignment (MSA)
- OTU picking
- formalin-fixed paraffin-embedded tissue (FFPE)
- DNA isolation
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Madhusudhan, N (författare)
- Krause, R (författare)
- Nilsson, R. Henrik,1976Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xnihen (författare)
- Moissl-Eichinger, C (författare)
- Hoegenauer, C (författare)
- Thallinger, GG (författare)
- Gorkiewicz, G (författare)
- Göteborgs universitetInstitutionen för biologi och miljövetenskap (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Frontiers in Microbiology: Frontiers Media SA81664-302X
Internetlänk
Hitta via bibliotek
- Frontiers in Microbiology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 7 av 2604
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Halwachs, Bettin ...
- Madhusudhan, N
- Krause, R
- Nilsson, R. Henr ...
- Moissl-Eichinger ...
- Hoegenauer, C
- visa fler...
- Thallinger, GG
- Gorkiewicz, G
- visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Biologisk system ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Mikrobiologi
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Medicinska och f ...
- och Mikrobiologi ino ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Botanik
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Genetik
- visa fler...
- visa färre...
- Artiklar i publikationen
- Frontiers in Mic ...
- Av lärosätet
- Göteborgs universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
