SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Poldmaa Kadri)
 

Sökning: WFRF:(Poldmaa Kadri) > Towards a unified p...

LIBRIS Formathandbok  (Information om MARC21)
FältnamnIndikatorerMetadata
00006036naa a2200961 4500
001oai:gup.ub.gu.se/188282
003SwePub
008240528s2013 | |||||||||||000 ||eng|
009oai:slubar.slu.se:52079
0247 a https://gup.ub.gu.se/publication/1882822 URI
0247 a https://doi.org/10.1111/mec.124812 DOI
0247 a https://res.slu.se/id/publ/520792 URI
040 a (SwePub)gud (SwePub)slu
041 a eng
042 9 SwePub
072 7a ref2 swepub-contenttype
072 7a art2 swepub-publicationtype
1001 a Kõljalg, Urmas4 aut
2451 0a Towards a unified paradigm for sequence-based identification of fungi.
264 c 2013-09-24
264 1b Wiley,c 2013
520 a The nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region is the formal fungal barcode and in most cases the marker of choice for the exploration of fungal diversity in environmental samples. Two problems are particularly acute in the pursuit of satisfactory taxonomic assignment of newly generated ITS sequences: (i) the lack of an inclusive, reliable public reference data set and (ii) the lack of means to refer to fungal species, for which no Latin name is available in a standardized stable way. Here, we report on progress in these regards through further development of the UNITE database (http://unite.ut.ee) for molecular identification of fungi. All fungal species represented by at least two ITS sequences in the international nucleotide sequence databases are now given a unique, stable name of the accession number type (e.g. Hymenoscyphus pseudoalbidus|GU586904|SH133781.05FU), and their taxonomic and ecological annotations were corrected as far as possible through a distributed, third-party annotation effort. We introduce the term 'species hypothesis' (SH) for the taxa discovered in clustering on different similarity thresholds (97-99%). An automatically or manually designated sequence is chosen to represent each such SH. These reference sequences are released (http://unite.ut.ee/repository.php) for use by the scientific community in, for example, local sequence similarity searches and in the QIIME pipeline. The system and the data will be updated automatically as the number of public fungal ITS sequences grows. We invite everybody in the position to improve the annotation or metadata associated with their particular fungal lineages of expertise to do so through the new Web-based sequence management system in UNITE.
650 7a NATURVETENSKAPx Biologix Biologisk systematik0 (SwePub)106122 hsv//swe
650 7a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Biological Systematics0 (SwePub)106122 hsv//eng
650 7a NATURVETENSKAPx Biologix Ekologi0 (SwePub)106112 hsv//swe
650 7a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Ecology0 (SwePub)106112 hsv//eng
650 7a NATURVETENSKAPx Biologix Bioinformatik och systembiologi0 (SwePub)106102 hsv//swe
650 7a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Bioinformatics and Systems Biology0 (SwePub)106102 hsv//eng
650 7a NATURVETENSKAPx Biologix Mikrobiologi0 (SwePub)106062 hsv//swe
650 7a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Microbiology0 (SwePub)106062 hsv//eng
653 a DNA barcoding
653 a bioinformatics
653 a ecological genomics
653 a fungi
653 a microbial diversity
7001 a Nilsson, R. Henrik,d 1976u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences4 aut0 (Swepub:gu)xnihen
7001 a Abarenkov, Kessy4 aut
7001 a Tedersoo, Leho4 aut
7001 a Taylor, Andy F S4 aut
7001 a Bahram, Mohammad4 aut
7001 a Bates, Scott T4 aut
7001 a Bruns, Thomas D4 aut
7001 a Bengtsson-Palme, Johan,d 1985u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi,Institute of Neuroscience and Physiology4 aut0 (Swepub:gu)xbengg
7001 a Callaghan, Tony M4 aut
7001 a Douglas, Brian4 aut
7001 a Drenkhan, Tiia4 aut
7001 a Eberhardt, Ursula4 aut
7001 a Dueñas, Margarita4 aut
7001 a Grebenc, Tine4 aut
7001 a Griffith, Gareth W4 aut
7001 a Hartmann, Martin4 aut
7001 a Kirk, Paul M4 aut
7001 a Kohout, Petr4 aut
7001 a Larsson, Ellen,d 1961u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences4 aut0 (Swepub:gu)xlaell
7001 a Lindahl, Björnu Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig mykologi och patologi,Department of Forest Mycology and Pathology4 aut0 (Swepub:slu)50956
7001 a Lücking, Robert4 aut
7001 a Martín, María P4 aut
7001 a Matheny, P Brandon4 aut
7001 a Nguyen, Nhu H4 aut
7001 a Niskanen, Tuula4 aut
7001 a Oja, Jane4 aut
7001 a Peay, Kabir G4 aut
7001 a Peintner, Ursula4 aut
7001 a Peterson, Marko4 aut
7001 a Põldmaa, Kadri4 aut
7001 a Saag, Lauri4 aut
7001 a Saar, Irja4 aut
7001 a Schüßler, Arthur4 aut
7001 a Scott, James A4 aut
7001 a Senés, Carolina4 aut
7001 a Smith, Matthew E4 aut
7001 a Suija, Ave4 aut
7001 a Taylor, D Lee4 aut
7001 a Telleria, M Teresa4 aut
7001 a Weiss, Michael4 aut
7001 a Larsson, Karl-Henrik,d 19484 aut
7102 a Göteborgs universitetb Institutionen för biologi och miljövetenskap4 org
7102 a Sveriges lantbruksuniversitet
7730 t Molecular ecologyd : Wileyg 22:21, s. 5271-7q 22:21<5271-7x 1365-294Xx 0962-1083
8564 u https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/10.1111/mec.12481
8564 8u https://gup.ub.gu.se/publication/188282
8564 8u https://doi.org/10.1111/mec.12481
8564 8u https://res.slu.se/id/publ/52079

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy