SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Schallmeiner Edith)
 

Sökning: WFRF:(Schallmeiner Edith) > In vitro analysis o...

  • Gustafsdottir, Sigrun M.Uppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi (författare)

In vitro analysis of DNA-protein interactions by proximity ligation

  • Artikel/kapitelEngelska2007

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2007-02-27
  • Proceedings of the National Academy of Sciences,2007
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-16648
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-16648URI
  • https://doi.org/10.1073/pnas.0611229104DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Protein-binding DNA sequence elements encode a variety of regulated functions of genomes. Information about such elements is currently in a state of rapid growth, but improved methods are required to characterize the sequence specificity of DNA-binding proteins. We have established an in vitro method for specific and sensitive solution-phase analysis of interactions between proteins and nucleic acids in nuclear extracts, based on the proximity ligation assay. The reagent consumption is very low, and the excellent sensitivity of the assay enables analysis of as few as 1-10 cells. We show that our results are highly reproducible, quantitative, and in good agreement with both EMSA and predictions obtained by using a motif finding software. This assay can be a valuable tool to characterize in-depth the sequence specificity of DNA-binding proteins and to evaluate effects of polymorphisms in known transcription factor binding sites.

Ämnesord och genrebeteckningar

  • DNA/*metabolism
  • DNA-Binding Proteins/*metabolism
  • Electrophoretic Mobility Shift Assay
  • Genetic Techniques
  • Models; Molecular
  • Molecular Probes/genetics/metabolism
  • Oligonucleotides/genetics/metabolism
  • Polymerase Chain Reaction
  • MEDICINE
  • MEDICIN

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Schlingemann, JörgUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi (författare)
  • Rada-Iglesias, AlvaroUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi (författare)
  • Schallmeiner, EdithUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi(Swepub:uu)edsch087 (författare)
  • Kamali-Moghaddam, MasoodUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi(Swepub:uu)masookam (författare)
  • Wadelius, ClaesUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi(Swepub:uu)claeswad (författare)
  • Landegren, UlfUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi(Swepub:uu)ulfland (författare)
  • Uppsala universitetInstitutionen för genetik och patologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America: Proceedings of the National Academy of Sciences104:9, s. 3067-30720027-84241091-6490

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy