SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Mignardi Marco)
 

Sökning: WFRF:(Mignardi Marco) > Bridging Histology ...

Bridging Histology and Bioinformatics : Computational analysis of spatially resolved transcriptomics

Mignardi, Marco (författare)
Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Bildanalys och människa-datorinteraktion
Ishaq, Omer (författare)
Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Bildanalys och människa-datorinteraktion
Qian, Xiaoyan (författare)
Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
visa fler...
Wählby, Carolina (författare)
Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Bildanalys och människa-datorinteraktion
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2017
2017
Engelska.
Ingår i: Proceedings of the IEEE. - 0018-9219 .- 1558-2256. ; 105:3, s. 530-541
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • It is well known that cells in tissue display a large heterogeneity in gene expression due to differences in cell lineage origin and variation in the local environment. Traditional methods that analyze gene expression from bulk RNA extracts fail to accurately describe this heterogeneity because of their intrinsic limitation in cellular and spatial resolution. Also, information on histology in the form of tissue architecture and organization is lost in the process. Recently, new transcriptome-wide analysis technologies have enabled the study of RNA molecules directly in tissue samples, thus maintaining spatial resolution and complementing histological information with molecular information important for the understanding of many biological processes and potentially relevant for the clinical management of cancer patients. These new methods generally comprise three levels of analysis. At the first level, biochemical techniques are used to generate signals that can be imaged by different means of fluorescence microscopy. At the second level, images are subject to digital image processing and analysis in order to detect and identify the aforementioned signals. At the third level, the collected data are analyzed and transformed into interpretable information by statistical methods and visualization techniques relating them to each other, to spatial distribution, and to tissue morphology. In this review, we describe state-of-the-art techniques used at all three levels of analysis. Finally, we discuss future perspective in this fast-growing field of spatially resolved transcriptomics.

Ämnesord

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER  -- Medicinteknik -- Medicinsk bildbehandling (hsv//swe)
ENGINEERING AND TECHNOLOGY  -- Medical Engineering -- Medical Image Processing (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Data- och informationsvetenskap (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Computer and Information Sciences (hsv//eng)

Nyckelord

Biomedical image processing
biomedical signal analysis
computer-aided analysis
genetics
image analysis
image processing
Computerized Image Processing
Datoriserad bildbehandling

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy