Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/155388" >
A single-step compe...
A single-step competitive binding assay for mapping of single DNA molecules
-
- Nyberg, Lena, 1979 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Persson, Fredrik, 1979 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för fysik (GU),Department of Physics (GU),Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,Uppsala universitet,Uppsala University,Beräknings- och systembiologi
-
- Berg, J. (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
visa fler...
-
- Bergström, Johanna, 1988 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Fransson, Emelie (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Olsson, Lisbeth, 1963 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Persson, M. (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Stålnacke, Antti, 1988 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Wigenius, Jens, 1975 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Tegenfeldt, Jonas O. (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för fysik (GU),Department of Physics (GU),University of Gothenburg,Fasta tillståndets fysik,Fysiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Solid State Physics,Department of Physics,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH
-
- Westerlund, Fredrik, 1978 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
Olsson, Linnea (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Elsevier BV, 2012
- 2012
- Engelska.
-
Ingår i: Biochemical and Biophysical Research Communications - BBRC. - : Elsevier BV. - 0006-291X .- 1090-2104. ; 417:1, s. 404-408
- Relaterad länk:
-
http://dx.doi.org/10...
-
visa fler...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://research.cha...
-
https://lup.lub.lu.s...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Optical mapping of genomic DNA is of relevance for a plethora of applications such as scaffolding for sequencing and detection of structural variations as well as identification cif pathogens like bacteria and viruses. For future clinical applications it is desirable to have a fast and robust mapping method based on as few steps as possible. We here demonstrate a single-step method to obtain a DNA barcode that is directly visualized using nanofluidic devices and fluorescence microscopy. Using a mixture of YOYO-1, a bright DNA dye, and netropsin, a natural antibiotic with very high AT specificity, we obtain a DNA map with a fluorescence intensity profile along the DNA that reflects the underlying sequence. The netropsin binds to AT-tetrads and blocks these binding sites from YOYO-1 binding which results in lower fluorescence intensity from AT-rich regions of the DNA. We thus obtain a DNA barcode that is dark in AT-rich regions and bright in GC-rich regions with kilobasepair resolution. We demonstrate the versatility of the method by obtaining a barcode on DNA from the phage T4 that captures its circular permutation and agrees well with its known sequence.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Kemi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Chemical Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
Nyckelord
- DNA mapping
- Nanofluidic. channels
- Competitive assay
- Single DNA
- molecules
- Fluorescence microscopy
- double-stranded dna
- restriction maps
- netropsin
- distamycin
- resolution
- complexes
- channels
- dyes
- channels
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Nyberg, Lena, 19 ...
-
Persson, Fredrik ...
-
Berg, J.
-
Bergström, Johan ...
-
Fransson, Emelie
-
Olsson, Lisbeth, ...
-
visa fler...
-
Persson, M.
-
Stålnacke, Antti ...
-
Wigenius, Jens, ...
-
Tegenfeldt, Jona ...
-
Westerlund, Fred ...
-
Olsson, Linnea
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Kemi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
- Artiklar i publikationen
-
Biochemical and ...
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet
-
Chalmers tekniska högskola
-
Lunds universitet
-
Uppsala universitet