Sökning: WFRF:(Sonnhammer Erik L. L.) >
InParanoid 6 :
InParanoid 6 : eukaryotic ortholog clusters with inparalogs
-
- Berglund, Ann-Charlotte (författare)
- Uppsala universitet,Centrum för bioinformatik
-
- Sjölund, Erik (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik
-
- Östlund, Gabriel, 1980- (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik
-
visa fler...
-
- Sonnhammer, Erik L. L. (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2007-12-23
- 2008
- Engelska.
-
Ingår i: Nucleic Acids Research. - : Oxford University Press (OUP). - 0305-1048 .- 1362-4962. ; 36, s. D263-D266
- Relaterad länk:
-
https://academic.oup...
-
visa fler...
-
http://InParanoid.sb...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The InParanoid eukaryotic ortholog database (http://InParanoid.sbc.su.se/) has been updated to version 6 and is now based on 35 species. We collected all available 'complete' eukaryotic proteomes and Escherichia coli, and calculated ortholog groups for all 595 species pairs using the InParanoid program. This resulted in 2 642 187 pairwise ortholog groups in total. The orthology-based species relations are presented in an orthophylogram. InParanoid clusters contain one or more orthologs from each of the two species. Multiple orthologs in the same species, i.e. inparalogs, result from gene duplications after the species divergence. A new InParanoid website has been developed which is optimized for speed both for users and for updating the system. The XML output format has been improved for efficient processing of the InParanoid ortholog clusters.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
Nyckelord
- Animals
- Cluster Analysis
- Databases
- Protein
- Gene Duplication
- Humans
- Internet
- Phylogeny
- Proteins/*genetics
- Proteomics
- biokemi, inriktning teoretisk kemi
- Biochemistry with Emphasis on Theoretical Chemistry
- Biology
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas